会议对决议进行了自由辩论，王忠孝、周启明认为决议内容藐视皇权，给予黎民过多的权利不仅有违礼制还可能引发动荡。最后以不记名投票的方式进行了表决，有近1/3的人投了反对票或弃权，勉强透过。瞿昌文、周启明知道随着人员的增多，以后再推进激进的改革会越来越困难。
瞿昌文宣布会议决议通过，白瑞德激动地说：“13世纪我的同袍马可波罗从中国带回了‘鼓掌’这种表达敬意、信任的礼仪，代表东西文化相互理解和包容。我提议以鼓掌的方式表示祝贺！”说完带头起立鼓掌，大家迟疑了一下纷纷起立，掌声经久不息。
瞿昌文示意大家坐下，微笑着说：“还有一项重要议题，建立政党！”石破天惊！几千年来无论哪个王朝都严禁结党，结党营私会动摇国本是君主决不允许的。沈佺期说道：“自古以来士人结党或为攀缘结势，或为乱言怨怼，党争暗斗为祸甚巨，历代君王对此深恶痛绝，自汉末党锢之祸至天启年间阉党乱政，党人下狱砍头者不可胜数。不知瞿首辅所言政党与古人结党有何异同？”“我先说这异，政党不同于旧之朋党首先须有自己的政见纲领，有严密的组织、严格的纪律，成员不能仅限于士子、官绅，凡忠于政党理念者均可为同志。再说同的一面，志趣理念相同，行为操守相同，为党奔走扩大相同，甚而为理念披肝沥胆不惜头颅相同。”瞿昌文故意等大家议论一阵，缓一缓接着说道：“既然党人自古有之，历经杀伐难以禁绝，不如加以疏导。东林人士讽议朝政、评论官吏，要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪纵枉法。桂王建议重建东林党，创立先进理论，引领风气之先。”在座有不少人与东林党人有着渊源，精神为之振奋。瞿昌文接着说道：“东林党人杨涟、左光斗等人忠贞绝世，行义格天。然而东林党人亦是良莠不齐，或立门户之名，葛藤相绊遥制朝廷，或孤愤大言，自诩忠义沽名钓誉。自东林书院创始以来五十余年，虽理想高洁颇有清誉，终究未能为朝廷一振纲纪，无济国事。东林士人当躬身自省！新创东林政党当以先烈为楷模，发扬东林精神，革除痼疾，经世致用。不要负了皇家和百姓，不要让忠良饮恨的悲剧重演。”
桂王支持东林党名正言顺地成为国家承认的政党是对当时士林的莫大鼓舞，瞿昌文、周启明、王忠孝、沈佺期、张英等人悲喜交集。大家决定会期延长两天，决定以诚信、博爱、科学、平等、法制为宗旨，以王阳明心学“致良知，知行合一”理论为基础，结合科学观念、借鉴各国哲学，发展符合科学规律的哲学理论，拟定了党章、党员守则、组织条例等文件草案。
文件规定各阶层人士符合党章要求的均可入党。党员须克己、廉洁，行为操守接受党内和社会的监督，抵制奢靡腐化，提倡一夫一妻，做社会楷模。党纪要严明，收受贿赂、纳妾、蓄外室、欺诈、违法，等行为一律开除党籍。不得以任何名义收门生，结私党。不得推荐亲属、老乡出任公职、党内职务。一旦违反开除党籍。
还有很多细节规定，包括违规行为的界定标准等。张英觉得太过严苛，建议设警告、诫勉、开除几个处理方式，中国人讲究礼尚往来，礼品礼金应以自律为主。对已经存在的一夫多妻人员不做限制，另外举贤不避亲。
应王妃要求同意吸收女子入党。
一夫一妻制是瞿昌文提出的，讨论过程中争议最大。瞿昌文的看法是西方多为一夫一妻，平民基本上是一夫一妻，一妻多妾成了士大夫、富绅的特权。无良士绅借此霸占良家妇女，荒淫奢靡，败坏风气。东林党人应当做表率自律。经表决以多数赞成通过。
一夫一妻可以增加人口，远儿曾与瞿昌文聊过。可是在“不孝有三无后为大”的今天，男子传宗接代的传统根深蒂固。虽然有过推行的想法，但是考虑到阻力太大没有提出。今天居然通过了！东林党人又一次证明了他们的无私。在国家危亡之际国家从来都不缺少牺牲自我的志士仁人，往往缺少的是凝聚人心的领袖。
远儿建议陈梦雷用法律规定赋予女子财产继承权，男女同工同酬，加快男女平等的法律出台。
会议确定青天白日旗为党旗，青色的底色代表光明纯洁、民族和自由;中间是白色的太阳，放射十二道光芒代表十二个月，寓意坦白无私、民权和平等，通过了党章和其他文件，宣告东林党正式成立。
除桂王、王妃外包括白瑞德在内的所有与会人员在青天白日旗前**宣誓，加入东林党。会议选举产生了第一届委员会，因为任职内阁首辅，瞿昌文拒绝了委员长提名，选举周启明为委员长，任期五年。桂王拥有委员长罢免权。设立常务委员会，内阁成员当选。
无论会议的形式和内容都超出大多数人所能想象的，都为自己能亲身见证这个历史性的会议感到莫大的骄傲和荣幸。这次会议因其对后世的巨大影响后来被称为“南湖会议”载入史册。
扩大会议结束后继续召开内阁会议和常委会，周启明提出东林党只在目前控制的南湖区、金门公开活动，其他地区秘密发展组织和党员，参照情报局的模式严格保密，避免损失宝贵的党员力量。中常会成员应研究理论，撰写文章论著，统一思想指导实践。
周启明要求在政府、士农工商各阶层特别是军队中发展党员，重点发展军队各级军事主官，争取连队以上都有。提出占据台湾、琼州的想法，请内阁尽快拟定计划。同时建立南越秘密组织，以琼州为基地收复红河以东，溯河而上联通云南，迎奉圣上入台湾还朝主政。
几年来远儿尽己所能把自己心中理想的国家以“玛雅国”的名义介绍给眼前这些精英们，实践证明玛雅神话并不是空中楼阁。国家危亡穷极思变，苦苦求索的他们近乎疯狂地研究思辨，身体力行著书立说，承接明朝知行合一学以致用的思想，一批年轻学者形成了自己具有世界格局的新思想雏形。今天的成果不亚于新学的建立，这一切出乎桂王意料之外，又似乎在情理之中。
诸事安排完毕，远儿感觉疲惫，向大家躬身施礼致谢，转身离开，步履蹒跚，佩云扶着远儿上了马车，返回金门。周启明怔怔地望着马车远去的背影一动不动，瞿昌文轻轻拉了他一下，说道：“委员长，该回去议事了。”周启明转过身来已是眼眶湿润，回到会议室对大家说道：“我家少主自幼颠沛流离，与皇家锦衣玉食荣华富贵无缘，自梅州复皇子之名以来夙兴夜寐，殚精竭虑筹划大计，以桂王的年纪实在是不堪重负。殿下通天地之机，纵观全球，屡出奇策，始有今日之局面。如今提倡科学、平等，将政务、军权尽皆托付东林一党，变革之剧烈亘古未有，必然引发滔天巨浪。我等必须忌空谈、谋实策，避免重蹈旧日东林的覆辙。”
南湖区、金门过半的男劳力在从事建设，赵夫人经常去纺织厂亲自操作纺纱、织布，张英利用报纸、剧团、学生带动妇女纷纷进入工厂、商家做工，劳动力从15万人增加到20万人。一个四口之家夫妻都工作的话，年收入可以达到800元，绝大多数人从赤贫进入中等收入，劳力多的人家则稍微富裕了。居民们开始贷款购买住房、日用商品生活有了起色。卖出的15000户住房的利润和土地款达到1800万元，银行还能赚利息，房地产的收益实在是太惊人了！工业、贸易、税收也在上升，财政状况步入良性循环轨道。由于基础设施、教育、医疗、政府人员等开支巨大，银行本金不足，贷款数额大，金融状况还非常脆弱。
海上出现了一伙号称“海上绿林”的海盗，迅速吞并了周边大股海盗，经常袭击西洋商船，占据港口收取商船停靠费。这是周启明、林凤秘密安排的，非常时期行非常之事。政府组织做海盗总是有些不光彩的，但他们的愧疚、顾虑很快打消了不少。因为他们发现，西洋商船的很多货物甚至船只竟是打劫来的，西洋人之间在海上也时常互相劫掠，真是疯狂的时代！海上绿林开始将触角伸向印度洋、非洲。
码头上张英在和几位僧侣告别，政府资助他们出海传教，已经命令商船为传教的僧侣、学者提供便利，受此鼓舞不断有僧侣前来，为弘扬佛法踏上征程。