从建文三年开始，朱允炆逐步加强王府长史的权力，规定长史三年一任，不得连任；同时削弱藩王对军队的控制，他用写私信的方式让藩王遇事多与当地都司商量，不要自作主张，这样虽然藩王参与了大部分的决定，但在藩王的所作所为，朱允炆都是看得到，控制的了的。久而久之，大部分藩王都很知趣，逐渐称病不理军务了，开始了给当地官员打小报告的新生活。
成为储君以来，朱允炆就一直在折腾，一直在打仗，从洪武末年的漠北之战、即位之后的燕王之乱、开发辽东、归化女真、建府乐浪等等，这五六年来，大明军力损失接近五十万，已经是强弩之末了，加之国库空虚，迫切需要休养生息。
所以朱允炆改变了策略，除辽东仍在清剿、归化女真人之外，陆地上极少用兵，但水师却作战频繁，主要是为了肃清海盗和倭寇。
在得到济州岛后，大明获得了一条沿朝鲜半岛南岸前往倭国的商路，商人一般从大连或登州上船，前往平壤，然后越过江华湾，到达济州岛，再越过对马海峡，到达倭国的九州和本州进行贸易。大明的丝绸、瓷器、玻璃、铁器等等物品在日本很受欢迎，这样日本的白银就大量的流向大明；同样日本商人也可以在平壤、大连、登州等海关进行贸易，获取大明的铜钱和银票。
对于南方，自从在台湾岛上分封了代王、台王，台湾也逐渐繁华起来，台湾和福建沿海的贸易越来越发达，台湾岛上有大量的白糖，但其他物品短缺，这促进了双方的贸易，这条路线坐船不过一日夜即可抵达，所以对双方来说，如同隔壁一般，所以贸易量非常大，而台湾的面貌也飞速改变，逐渐有商人、百姓主动迁往台湾，进行贸易和生产，这让朱允炆很是欣慰，因为弟弟台王允熥的抱怨越来越少，太后慢慢也不埋怨朱允炆了，甚至建文五年，太后吕氏还去了一次台湾，亲自检查了一下台湾的环境，结果非常满意。
随着贸易的发展，台湾逐渐变成了沿海客商前往南洋的中转站，他们会在台湾补充淡水和食物，前往南洋，即马来群岛，后世的菲律宾、马来西亚、印度尼西亚等地。大明商人贸易的目的主要是为了获取香料，如胡椒、丁香、肉蔻、肉桂等，卖出的主要是瓷器、丝绸、玻璃等物。
还有一条线路，则是从广州出发，沿海岸线前往安南，这样崖州（海南）也逐渐成为一个落脚点，促进了广东、广西的经济发展。
另外由于海盗仍然猖獗，加之海商出门在外，境外的土司、蛮夷很容易见钱眼开，有不轨的行为。所以经过慎重考虑，朱允炆允许海商拥有防身武器，所有武器尤其是弓箭、弩箭、火枪等武器必须在兵部报备，在通过海关时还要主动出示，否则一旦查出，立刻没收，并追究商人的责任，数量巨大的以谋反罪论处；另外大型海商出海，可以向水师要求护航，不过同样需要兵部核准。这样做有两个目的，一个是保护海商，另一个是让水师熟悉海外环境，同时刻画海图。
朱允炆对海洋的开放态度极大的促进了海贸的发展，但不仅仅如此，他还要求海商在行商时注意收集一些特殊的粮食和植物种子，朱允炆最希望获得的是橡胶，如今蒸汽机的研究已经比较成熟了，但是密封问题却一直没有好的办法解决，这样不仅危险，还造成了大量的能源浪费。没有蒸汽机，就无法加工更精密的零件和仪器，工业大发展就无从谈起。
朱允炆不仅需要橡胶，他还希望能够找到玉米、土豆和红薯之类的种子，所以他号召海商不仅要向南航行，还要向东航行，但是效果不佳，几乎没有海商愿意向东。
最后朱允炆发了狠，动用皇帝的权力派出水师去完成这个九死一生的任务。为了增强大家的信心，也为了降低他们出行的难度，朱允炆秘密的为远行的千户以上军官上了一堂特殊的课，他做了一个简易的地球仪，凭记忆在上面标注了一幅后世的地图，大致注明了大明之外的世界，以及他们的具体情况。
会议开始后不久，大家都认为皇帝发疯了，按照皇帝的说法，大地不是平坦的，而是在圆球上的曲面；我们大明也不是世界的中心，只占有了一片小小的地方而已；海外还有无数的土地、国家和种族，他们拥有一些我们大明没有的粮食和作物，我们此行的目的就是去把这些东西拿回来，造福大明百姓。
但是随着朱允炆讲解的深入，大家慢慢变得半信半疑，因为皇帝描述的东西非常详细，显得很真实，似乎是皇帝亲眼看到的一般，不像是瞎编出来的，而且皇帝也没有必要骗自己这些人。
看着面面相觑的众位军官，朱允炆最后宣布：“诸位将军，朕心里很清楚，此次远航，九死一生，但是，此行意义重大，对大明来说，是利在当代，功在千秋的大事。朕可以断言，即使在千年之后，你们仍然会受到后人的敬仰，甚至，”朱允炆苦笑道：“你们在后世的名声还要超过朕。”
听到朱允炆如此说，诸将吓的魂不附体，赶紧跪倒在地，连称不敢！
朱允炆这才发现说的有些夸张，吓着他们了，连忙将众人一一扶起，拍了拍福建水师佥事童海龙的肩膀，笑道：“童将军，只要得到了玉米、土豆和红薯这些作物，大明的百姓就不会再遭受饥荒之苦，只要能够回来，你们所有人的军衔都会晋升一级，而童将军你，朕会封你为伯爵。”
“同时会在你的家乡为你们塑像、立功德碑，让世人对你们永世铭记！”
“另外出行的所有将士，朝廷都会供养你们的妻子儿女到十八岁，解除你们的后顾之忧。”
“谢皇上隆恩，末将肝脑涂地，万死不辞！”童海龙等人感动万分，俯首在地，斩钉截铁的道。
其实童海龙想的很明白，皇上让去，那就必须得去，抗旨是要满门抄斩的，而且皇帝给的赏格高的难以想象，以自己的身份，即使参与了扫平漠北，也不会比此行的封赏高。所以他慨然领命，既有忐忑、恐惧，还有一丝丝兴奋。
朱允炆大喜，拉过童容海，指着地图道：“童将军，你帅福船十艘、海沧船二十艘从山东登州出发，然后绕过日本列岛，向东北方向航行，越过白令海，就可以到达北美洲了，然后沿海岸南下，就能找到南美洲了。”
“是，末将遵旨。”
“至于你们回来的时候......”
......
除了派童海龙向东寻找美洲以外，朱允炆还派遣水师向南，在南洋诸岛寻找落脚点，朱允炆给他们的命令是，如果是无人岛屿，则在岛上立碑，声明是大明领土；如果有人的话，如果人数不多，就让他们加入大明国籍，岛屿自然也成为了大明的领土；如果人数太多的话，就进行贸易，用金钱购买土地，建立城池，让大明的海商有个落脚的地方。
这样时间不长，南洋的无人岛以及岛民稀少的岛屿大都成为了中国的领土，而在吕宋岛、马来半岛也开始建立立足点，对于较为强大的麻喏巴歇王国（印度尼西亚），则保持着良好的联系，并获得了一些立足点。
由于当时水师的责任是营造良好的贸易环境和保护大明海商，所以除非必要，大明水师不与已经建国称王的势力开战。比如安南拒绝了大明要求租借港口的要求，朱允炆也暂时没什么表示，因为他的目光始终注视着北方。
这些海商的见闻也逐渐在报纸上披露，极大的开拓了大明百姓的眼界，同时随着海关税收的猛增，朝臣的眼光也逐渐投向了海洋。
在大力开海的同时，朱允炆也没有放弃内政，国内的建设也如火如荼，大力进行土木建设、修路筑桥，极大的促进了边疆地区和中原的联系。
另外科学院的匠师们也研究出了不少新武器，如已经大量装备军队的燧发枪，还有配备给高级军官和骑兵的手铳；火炮的研究也有了新的进展，匠师们则研制出了一种可以放在车上的臼炮，按照匠师的说法：“子在母腹，母送子出，从天而降，层层碎裂，锐不可当，威力惊人。”。让朱允炆高兴的是这种炮使用的是开花弹，威力很大，适合攻坚，尤其适合在草原、丘陵地带作战，但是他也指出其中的缺点，那就是射程太近，需要加强。
如今的匠师对朱允炆的话已经非常信服，接受赏赐后，高兴的去工作去了。
鉴于朝廷的税收越来越依赖于商税和海关，朱允炆命令加强进士、举人、贡生的素质培养，凡是到户部、海关任职的学子需要考试算学；针对贪污腐化越来越突出的局面，朱允炆要求地方官员以及刑部、吏部等部门的官员入职时需要考试法律；最后，工部官员入职不仅要考算学，还要考物理、建筑等学科。
算学、物理等等教材都是由朱允炆编写的，但写完之后，朱允炆自己也很不满意，但学识匮乏，只能如此，因为他命令藩属国进献书籍、海商到了海外也要尽量携带一些当地的书籍，为了解读这些图书，朱允炆命令在礼部下设立同文馆，专门负责翻译海外图书，然后出版。
上述政策引起了不少官员的委婉反对，但朱允炆所说的理由也很充分，至于他们想用“半部论语治天下”之类的理由说服朱允炆，朱允炆却一笑了之，留中不发。
这样平静的生活，只过了两年，到了建文六年的春天，辽东、北平、绥远都司禀告，蒙古人南下骚扰频繁，北疆烽烟再起。