但是，经过这种挫折的涩川满赖，却被足利义满发现了他的另一方面才能，也就是作为策士，为主家出谋划策的才能；而且涩川满赖丢失九州，可谓罪不容诛，义满觉得只要自己保护他，他就不会有二心，当然，必要的小心还是需要的。
......
在足利义满整合军队的同时，征倭军同样在进行整合。
根据皇帝朱允炆的昭命，成立海东行都司，下辖倭国全部，都指挥使为楚智，监察使为陆长生，近卫第六军指挥使邵云接任征倭军参谋长，第六军参谋长梅新田接任军指挥使。
但目前征倭军只控制了筑紫岛（九州岛）和伊予岛（四国岛），所以只能先设立十三个卫所，基本疆域与倭国封国相似，楚智和陆长生只做了微调。
十三卫中，倭人将领有两个，分别萨摩卫佥事少贰贞赖和日向卫佥事李从善；朝鲜将领有两人，分别是肥前卫的许保和土佐卫的金南轩；其余九卫则全部是汉将。
按照惯例，十三卫中还设立了屯田使，兼任监察使。
卫所设立，其实是一个很残酷的过程。卫所设立一般分为两种，一种是外来军户，一种是圈民为军。
前者常见于开疆拓土之时，比如洪武帝北伐之时，北伐大军会逐渐化整为零，分布到各地生根，成为当地卫所的一员。这种情况是比较好的，因为当地有太多的无主荒地，足够设立卫所，这样无论对恢复生产，还是对士兵本身，都是非常不错的选择。
但是，还有另外一种情况，那就是设立卫所的地方没有荒地，但是由于某种原因必须设立卫所，那就需要剥夺当地百姓的土地，百姓失去土地，变成流民，可谓凄惨之极。
至于圈民为军，弊端就更多了，首先民户转军户，并不是那么轻松愉快；其次，民户土地数量远不如军户，所以为了达到卫所的规模，附近百姓的土地也会被剥夺，他们同样会失去土地，成为流民。
无论何种原因，设卫造成的流民都是社会稳定的最大威胁。
所以，在大明统一之后，洪武帝对于新设立卫所是非常谨慎的。
建文帝朱允炆登基之后，情况有所不同，绥远、东北、朝鲜各地新设立卫所的数量已经超过五十，但总体上并没有出现什么问题，因为即使失去了土地，其他地方还有足够的土地，所以只要迁移过去就可以了，比如东北新开拓的卫所，就有不少朝鲜迁移过去的百姓。
海东行都司的卫所设立，其实是一个比较残酷的过程。
卫所的部分兵员来自于福建、浙江一带，那些地方山多地少，流民较多，朱允炆有意识的将其迁走一部分，缓解一下社会矛盾；除此之外，还有部分兵员来自于辽东的女真、投降的蒙古人，甚至还包括一些朝鲜人，倭人数量相对要少得多，只有一万多人。
但是，九州之战，投降的倭军就有三万人之多；四国之战，投降的倭军也有八千多人，合计起来差不多有四万人。
对于这些人，盛庸很是头疼，不可能全部杀掉，但全放掉也不合适，所以就全交给了监察使杨荣，而瞿陶则被瞿能派过来，担任俘虏营的管理工作，同时作为杨荣的副手。
瞿陶对接受这个任务很不乐意，去找父亲瞿能，却被父亲教训了一番，只得怏怏不乐的接受了任务。
而杨荣对这个差事则非常高兴，因为他很早就考虑过这种情况，想好了多种对策，正好试一下是否可行！
首先，杨荣将他们按照地域分成十三部分，召开诉苦大会，号召普通百姓对武士、贵族的暴行进行控诉，杨荣打算通过这种方式，瓦解倭国固有的阶级体系。
这个过程是相对缓慢的，普通百姓最初是比较胆怯的，他们不相信明军真的能主持公道，而且也担心贵族报复，所以杨荣很快的引入了密告制度，会写字的可以写匿名信，不会写字的可以私下里找明军申诉，这下子如同打开了潘多拉盒子，俘虏营中告密横行，贵族、武士人人自危，不断的有人被拉出去砍头，其中冤死的也不在少数，因为掌握生杀大权的明军倾向性比较强，只要平民能够找到人证、说的合理，基本上贵族、武士就死定了。
某些贵族、武士们聚集起来，打算反抗，却被很快破获，因为杨荣还规定，立功的话，可以免死！
少数成功串联起来的，也被明军迅速镇压，瞿陶心中的火气正无法发泄，所以只要被他抓住了，全部活埋。
逐渐的，贵族、武士们陷入了绝望。
诉苦报仇持续了一个月，处死的贵族、武士、恶霸差不多有三千多人，杨荣觉得差不多了，就将其叫停了；在那一天，某些百姓后悔不已，某些贵族、武士却无比的庆幸。
然后，杨荣举行了擂台比武，他抛出一千个小旗、两百个总旗、一百个百户、十个千户的职位，不分贵贱，胜者得之，这下子在整个俘虏营中掀起了渲染大波，平民们不敢相信，议论纷纷，贵族、武士们则面面相觑，继而沉默不语。
为避免造成混乱，杨荣对倭人先进行了一次初选，都是近卫军规定的科目，比如举重、负重奔跑、俯卧撑、跳远等等项目，倭人的营养、身高普遍不如明人，所以淘汰率非常高，最后勉强留下了一万多人，这些人获得了争夺军职的资格。
让人惊奇的是，许多贵族、武士竟然被淘汰掉了，对于这种情况，杨荣只是微微一笑。
最后为了公平起见，杨荣又对擂台比赛做了严格规定，小旗比试只能使用木棒，总旗比试只能使用朴刀、长枪，百户、千户比试才可以自己选择武器，比如倭刀等各种怪异的武器。
而且杨荣还规定，无论任何人，都必须一级一级的打上来，禁止插队。
这引起了某些武士、贵族的强烈不满，但是杨荣坚持，他们也没有办法。
对于杨荣的布置，瞿陶有些担心，他觉得如果所有倭人都不愿意比试，怎么办？
对于这一点，杨荣只是笑着道：“不可能，只要是人，见到利益，没有不去争夺的。”
果然，经历了开始的扭扭捏捏，倭人很快疯狂起来了。
其中以小旗的争夺最为激烈，使用木棒作为武器，贵族、武士的优势大大抵消，另外贵族、武士们的身体素质虽然要好一些，但是他们的上进心、吃苦耐累的程度要差一些，所以贵族、武士失败的也不在少数。
当开始使用兵器的时候，平民的劣势就体现出来了，并非他们能力不够，而是心理素质不行，他们毕竟没有杀人的经验，而贵族、武士们则经验丰富，他们成年后经常趁着夜晚到偏僻小路上，将经过的行人斩首练胆，一般要达到斩首十次才算合格。
等到了百户阶段，贵族基本上都消失了，只剩下武士和平民了。
这时候，武士发挥出了他们的优势，长刀翻飞，血光四溅，杀人如麻，平民纷纷倒在他们刀下。当然武士们也是不得已，人的体力是有限的，他们如果不震慑挑战者，他们迟早会被耗死。
最终一百个百户名额，武士只占了四十多名，因为平民中也有一些强者，只不过因为各种原因，没有机会成为武士而已。
擂台大赛一共进行了五天，达到了杨荣想要的效果，但是死伤有点多，有一千三百多人受伤，死亡两百多人。
经过甄别，杨荣递补了六百多人上来，补充缺额人员。
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这些挑选出来的倭人精锐被分散到各个卫所中，剩下来的俘虏及其家眷则被分批迁徙到朝鲜、台湾和海南岛，作为军户，参加当地屯田。
同时，海东行都司开始设立十三个卫所，卫所对应土地上的倭人大部分被迁走，少部分精壮编入卫所，为大明效力。
而这些失去土地的倭人，杨荣给了他们两个选择，可以去朝鲜，路费、安置费全都有，同时还可以获得土地耕种；当然也可以去本州，只不过其中的风险就要他们自己承担了。
最后筑紫岛的大部分倭人选择了去朝鲜，少部分人扶老携幼，前往下关，然后渡过下关海峡，来到本州；伊予岛的倭人则大部分选择前往本州，投入足利义满的怀抱，少部分辗转坐船前往朝鲜、东北等地。
经过残酷的整合，筑紫岛、伊予岛的治安情况大大好转，山贼草寇逐渐失去了生存空间，而足利义满的间谍活动范围也严重受限，作用越来越小。
时光飞逝，已经进入了建文九年的七月份，盛庸依然按兵不动，足利义满仍然在整合、观望。