故事的结束，似乎也与故事的开始那样一般仓促。
商续最终找到了东厂藏匿在浙江的黑暗产业——拐卖儿童。并将此事上报给了弘治帝。弘治帝听闻之后大怒，直接处罚了李广，东厂则由杨清风来接手。张皇后的弟弟也被发现了与李广的牵扯，但弘治帝念及枕边人多年的陪伴并没有立即处罚张家，而是一点一点剥去了张家的羽翼，最终张家所有人都没有了官职和实权，只有跟在商续身边的张骥和张直没有受到丝毫牵连，一路青云直上，一位成了大理寺卿，一位则成了刑部尚书。李珏双经历了江南一行后也与张直最终修成了正果。
商续与陈文的故事，却在这个时代没有了继续。
暗八门的存在使得皇上对商续起了疑心，而陈文也从商续在千门的师傅那里找到了自己穿越而来的答案。原来一切的一切都是杨清风主导的，在这个时代的他不忍心自己与当年一般因为商续而被李广杀掉，所以召来的上一世的自己，想要这一世的陈文能够顺着他的心意不要掺和到这件事当中。但杨清风没有想到，他的这一举动也使自己的记忆消失了，一切又都回到了原点。
不过这一世的陈文发现了商续师傅的不同之处，明白的云雨山的小市集到底是个什么产业，知道了他想要在这个古代世界建立一个新王国的构想。但此种构想需要陈文来帮助他保证皇权的合法性。陈文也最终知道了自己的身世，原来她其实是当年万贵妃留下的孩子，因为是个女孩，万贵妃狠心的将她丢给了西厂汪直，来了出狸猫换太子。可惜换回的男孩却早早夭折。本因在汪直手上早就死掉的陈文，却因为何鼎的好心被救了下来。商续师傅要求陈文陪自己建立一个如同21世纪一般更加强盛的国家来拯救这些古代的国民不再受封建压迫，陈文感到很诧异，后来才明白了这前前后后的关系。
原来现代的杨清风根本就是从古代穿越而来的人，当年一起发现时空隧道的也不止杨清风一个人。
商续的师傅也发现了这个秘密。他后来随着陈文一同穿越回古代，便野心勃勃的想要在这里建立一个更加完美的国家。陈文听完商续师傅的描述只觉得他师傅是疯魔了，时代的轨迹并不是一两个人或者一两个想法就可以轻易的改变，推动社会发展的唯一因素就是生产力，如果违背客观规律的发展，那么现有的社会成果也会被一点点瓦解。陈文无法说服商续的师傅，而商续也因为暗八门和李广的缘故一直被困在京中。等到他处理好京中所有的事再来接陈文的时候已经晚了。他的师傅靠着暗八门的关系一点一点渗透了京中的势力，最后联合张家的某位皇帝近亲直接开始逼宫造反。
陈文被灌了药，被迫成为了商续师傅手中的傀儡，成为了他们所拥立的新皇帝。但陈文不愿事情如此发展，于是在最后的紧要关头狠下心杀了商续的师傅，最终与商续一同阻止了逼宫计划。
但劫后余生的陈文明白自己不可能在弘治帝的眼皮底下继续苟活。她是女儿身的秘密曝光尚且能洗脱谋逆的罪名，但也同时犯了欺君之罪。商续用自己与弘治帝多年的交情和前途保下了陈文，陈文却因为之前一直被灌药的原因时日无多了。她知道商续绝对不会放弃她，但她更明白商续比起自己还有更重要的事情要去做。自己的存在只会给商续带来麻烦，弘治帝亲口说过她一日不死商续一日不可被用。
因此，在某个她已经处理好所有在古代的后事的日子里，她用藏在枕头里的刀，在商续刚好接近身旁的时候，亲手杀了自己。只为了给弘治帝伪造是商续杀了自己的假象，只有这样，商续才能继续去做他应该做的事情。
商续悲痛万分，可看着陈文留下的遗书，他知道自己在这个时代还有更加重要的事情。于是写下了《问刑条例》，由张直和张骥再进一步完善大明的法律。最后自己则也跟着陈文在悲痛中去世了。
陈文历经波折后终于回到了现代，可她却没有一点觉得自己拯救了世界的自豪感，即使她阻止了商续师傅的计划，即使她在古代所做的每一件事情都是正确的，但没有商续的日子，她依旧感到很孤独。
高考结束后，陈文取得了自己满意的成绩，去到了喜欢的大学，也在那里，重逢了一位故人。
带着前世今生的思念，带着穿越时空的爱恋，商续和陈文的故事将永远不会结束。故事的结束也如同故事的开始，所有的一切都是命定之缘……