视查完工厂之后，咸丰于当天出台了一项新的政令——废除跪拜礼。政令规定，凡大清的子民，男的以后不论见谁均以躬身为礼，女的均以万福为礼。政令还指出这样规定的理由，认为华夏子民，自古便是天朝上民，世界上最优秀的种族。那么身为天朝上民的子民怎么能随意给人下跪呢。男儿膝下有黄金，政令规定大清子民上可跪天，下可跪地，中间可跪父母长辈，但绝不允许随意向人下跪，自辱尊严。
这一项政令引来的一部分迂腐文人的反对，认为这是有违法的事情，其实他心里真实的想法却是如果大家都不在下跪了，那那些有功名的文人还有什么值骄傲的呢？（古时候，凡有功名在身的读书人可以见官不跪，以此来标榜文人的高贵身分）一些文人纷纷上到衙门去请命，希望朝廷能收回成命。
咸丰对于这些自私的家伙当然不会客气。他们那些想下跪，好啊！就让他在全部都跪在衙门门口，以满足他们的要求。当然绝大部分的国民是非常赞同咸丰的班令的，纷纷称赞咸丰是个好皇帝，加上咸丰在元宵节用的那手，气息掩掩的大清王朝又重新得到了百姓的认可和爱戴。
出台了废除跪拜礼之后，咸丰为了将来着想依次出台了《大清环境保护法》、《大清义务教育法》。环保法规定凡所有之工厂不得临近江河周边五里之内开办，不然必定要拆除重建。而义务教育法则规定了从今之后，大清全实行免费教育制度。凡入新学就读的一律免收学费，而且法令还规定，不论男女皆可入新学就读。出台了这项法令，无形之中给奕忻出了道难题，因为新学尚还在筹办之中，学校都还没个影。
对此咸丰当然大力安慰了一下奕忻，并从并不多的私库中拨出了银子支持奕忻办学，咸丰让奕忻要一步一步来，先从把北京的新学搞起来先。并且咸丰还下旨要求各省官府必需在年内在各地兴办至少不于每县一所新式的学校。这可让这些地方官员为难了，这不说办新学有什么用处，单是这些办新学的人员就不好找。
一时间之间各地纷纷行动到处寻找洋鬼子先生。还好现在来中国的德国人越来越多，倒暂时解决了这些官员的一时之忧。至于经费问题，咸丰只得两手一摊，两个字——没钱。咸丰让这些官员自己想办，反正这些人别的不会，捞钱个个是好手，但是咸丰也有一个前提，不办加重百姓税赋，不准趁机讹钱，其他的就看他们的本事了。
咸丰三年的二月份，咸丰再一次见到了前来筹办军火公司的乔治。乔治这次带来的克虏迫家族中的一些精英专家，对于中国的军火市场，克虏迫家族可谓志在必得。除了军火方面的专业人才，这次随之而来的还有大量的来华投资或者来华找工作的商人与工人，技术人才。这些人的到来大大缓解了中国之前的一些用人问题。
奕忻第一时间从这些人当中招募了一群有教学经验的人员用于即将兴办的新学。其余的一些也被闻风而动的肃顺和一些地方官府礼聘走了。在华公使马可夫先生，得了一份新的工作——大清名誉文教大臣。他的任务只有一个那就是教会那些刚来中国的德国一些基本的汉语。于是一家名为中德双语学院在在二月份闪亮登场了。中德双语学院不但会教德国人汉语，还会教中国人德语。想学德语的中国人可以免费入学。
不过由于人员有限学院的规模不是很大，不过这难不倒咸丰，他马上下旨让奕忻招募一些会德语又懂汉的人才，于是一些曾经只是做做通释的中国人纷纷来向奕忻投效。咸丰一看效果这么好，于是又开设了外语学院专门教授外语。
以经济与政治上的一些新政，正在北京城逐渐成形并由这个大清的政治中心向四周散开出去。而在军事上，越来越感到资金紧张的咸丰皇帝最终还是同意了向荣的请求，开始施行地方团练的措施。咸丰于二月份下旨令湖广总督向荣在湖北编练新军，而左宗棠则在湖南练新军。同时咸丰还下旨令在籍侍郎曾国番，湖北布政使胡林翼等数十个地方面方大员兴办团练。
在咸丰想来既然开了头，那就那些在历史上发过光的人物一个一个都跳出来好了。这样咸丰觉得也方便自己以后练军计划。这些地方团练经过与太平军的大战之后，是当之无愧的理想兵员，只要稍稍整训就是一支精锐之师，还省了咸丰再重新募兵的麻烦。问题是收编这些地方团练非常棘，一个不好就有可能造成军阀的出现。不过现在咸丰也没有办法了，由于要与太平军作战，咸丰设立了南北大营，还调动了周边军力进行围剿，这些大军加起来不下几十万。
这么多人吃喝就是一个问题，更别说军卒们的饷银了。自从进入咸丰三年之后，国库就早已出空虚了，根本没有银子发饷了。而刚刚起步的商业都还在免税期，不倒贴钱进去就算不错了。基于这些原因，咸丰只得借助民间的力量来唯持对太平军的军事威胁了。至以后怎么样收编这些团练，咸丰只能走一步算不一步了。
就在咸丰在就北京城里里外忙活的时候，太平军也开始了新一轮的对朝廷的攻势。咸丰三年，在通过了杨秀清以天父下凡姿态指出的：顺江东进，直指金陵的略目标之后，太平军便开始向南京周边集结军队，意图一股作气拿下南京城。
二月初二，历史总是有意无意出现了巧合。这日太平军集结大军四十余万，战船万艘，由水陆两路顺江而下，气势雄伟，船帆蔽日，一路杀奔南京城面来。由于事先根本弄不清太平军的攻击方向，对于太平军突然而来的气势清军根本做不出回应。
数十万太平军水陆兵马，沿而下，各地清军闻风而逃，或干脆弃城投降。太平军一路势如破竹，终于于二月十九日到达南京城外围，水师停泊在南京城水西门以作威胁，而陆地上，太平军势不可挡于同一日攻占南京城外围重要据点——雨花台。
一时之间，南京城人人自危，一片恐慌。而两江总督陆建瀛之前根本就不认为太平军有攻打南京城的可能，以至于根本没有作准备，直到太平军直逼到了南京城外，城内官军不过五千余人。见太平军一望无边的军营扎在南京城四周，城内官军纷纷逃下城墙，妄图弃城而逃。而指挥将领则看着这种情况而无半点办法，南京城里的文官们则见太平军来，第一时间冲回家中收拾细软，准备跑路。正可谓是“文不知守御，武不知武为何事”。而陆建这时候才想起招集官兵上城墙防守，另外急急招募了大批市井流俚以为乡兵。
这些人大都不过是些无赖流氓之类，根根不知道武事，陆建瀛这样不但没有能安定住城里的民心，反而由于那些无赖流氓趁机抢劫民财，****妇女，弄得满城沸腾。太平军围困南京却不急于攻城，只是一面着人将一些写着太平教义以及其革命宗旨，号招城内百姓起来反抗爆政，一面积极准备攻城器具。虽然清军不堪一战，但是南京城自古便是坚城，更是为明朝前期的国都，易守难攻。如若把清军逼得太死，官兵抵死反抗，这样无疑会给太平军带来重大伤亡。
二月二十九日，做好充份准备的太平军效仿武昌攻城战，以地雷为引，炸毁南京外城南城门，数十万太平军纷纷涌入南京城，彷徨不可终日的两江总督大人，在乱军之中这斩杀，结束了他胆小怕事，而又慵碌无为的一生。次日，太平军水陆两路齐进，由水西门与陆西门同时攻入南京内城，斩杀江宁将军祥厚，副都统霍隆武。
前后不过十几天的南京争夺战以太平军的胜利而告终。南京陷落，大大振动了清军各路势力。三月十五日，太平军正式定都南京，改国号为太平天国，改南京为“天京”结束了其长达近一年的游动作战，开始了武装割据成立国中之国的局面。
得到南京陷落的消息之后，江南大营主帅英桂，湖广总督向荣大惊失争，忙忙集结大军准备进剿太平军夺回南京城。两人急忙通知在江北大营休养了大半年的主帅琪善，要联合三方大军夺回南京。而在得知南京陷落之后的琪善也再也坐不住了，南京这么快就陷入敌手，他这个总理江北大营，协助进剿的主帅不但没有剿灭匪患，反而眼眼睁睁看着江南重镇南京落入敌手，万一要是皇上怪罪下来，那可是吃不了兜着走了。无奈一向胆小的琪善匆忙之中忙调集了江北大营所有兵力合计七万大军汇其余两位剿匪大员进剿太平军。
咸丰三年三月二十日，清军由两清八旗绿营以及地方团练五万余人，江南大营十万余人，江北大营七万，合计二十三万余人浩浩荡荡分三路杀向南京城。太平军主要首领得知清军杀来，忙紧急收缩兵力于九江等重要据点，放弃外围，坚守城池。由于长江水道被太平军水师封锁，向荣的兵马只得由浏阳入江西，再会合英桂在南昌的兵马东向进攻南京，而要进攻南京必先攻克九江重镇，消除后患。三月二十五日，经过五天急行军的两湖清军与江南大营十万清军兵围九江城。而远在江北的琪善由于太平军占据安庆等重要战略要地，而且还隔着长江，一时间无法与南边的清军汇合。
二十七日，太平军由九江太平军托住向荣与英桂，从南京城发兵二十万，由西王石达开，大将胡以晃，赖汉英，李开芳，林凤祥等人率领，彩取各个击破的战术北上度过长江，猛击琪善的清军。二十八日，太平军石达开部克池州、微州，与在安庆与太平军对峙的琪善部清展开大仗，清军不敌，又害太平军断其后路，纷纷退回扬州一线死守。击退了江北大营的进攻之后，太平军再次挥师南下，经安庆过长江来解九江之危。
四月安一日，在九江城下猛攻十数日而不得的向荣与英桂部被从安庆赶来的石达开部迎头痛击。清军攻城十数日早已士气低落，人心不齐，见太平军援军到来，纷纷闻风逃。向荣英桂无奈，只得收拾残部，退回南昌，整顿兵马。太平军见清军退，趁机攻占了江西重镇南康与饶州。自此清军再无力威胁南京。经过数十天的大仗，太平军在攻占南康与饶州之后也是疲惫不堪，只得回军守城，派出小股部队骚扰南昌。见夺南京无望，又丢了江西征镇的向荣英禁，只得在南昌城上望北兴叹。
经此一仗，清军不但没能完成夺回南京的目的，还损兵折将，丢城失地，促使了咸丰皇帝加快建设新军的步伐。而损了大半兵马的南北大营由于兵力不足，只得坚守城池，不敢同志次主动出击。太平天军迎来了一个相对高潮的时期。
咸丰的兴办团练的圣旨下达各地之后，各地方官府，纷纷在各地财团，地主乡绅的支持开始兴办团练以此来维持对太平军的军事威胁。而建立国号的太平军则开始一连患的稳定占领区的政策。咸丰三年五月，太平天国发布了《天朝田亩制度》这以解决土制分配制度为中心的政治纲要，纲要规定：“凡分田照人口，不论男妇，算其家口多寡，人多则分多，人寡则分寡”。这一纲要的出台受到老百姓的热烈欢迎，大稳定了天国占领区的民心。
太平天国的建立与清朝同样关注的还有四国列强。在太平天国定都天京之后，英法等国纷纷开始行动，对太平军天进行所谓的访问查看天国对于列强利益的态度与看法，甚至于有人认为各国应该支持太平天国这个与自己同样信仰上帝的东方新政权，而遗弃满清朝廷。