南京城全部陷落之后，天军为了快速打扫战场，逼迫城内百姓抬尸体，稍有反抗者则痛杀之。为了强调天国的政策思想，洪秀全下令将南京城内的百姓分开，实行“男馆”“女馆”制度。夫妻父子分离，百姓无不痛哭，然而洪秀全没有怜悯。凡有反抗或者哭泣的人都一律抓起来毒打勤或者杀死。因此南京城内的百姓自尽竟不下万余人，因不满而逃起者万余。更有上万余人因为不满天国分馆制度而被抓起来送到城外江中，投进江水之中淹死。
天军攻破南京城，严重的威胁到了在上海的列强的利益。为了稳定民心，为了安定洋人，太平天国在杨秀清的主张之下出版了一本《定都天京论》大肆喧扬南京城的好处，以此来证明天国没有攻伐列强之心。
南京城破，咸丰能知道只是一些被历史掩盖了真像的东西，而如太平军在南京城的两次杀戮却是一点也知道。叛乱，不管他多有“正义性”其受苦的始终都只是那些手无寸铁的平民百姓。天军在南京城的杀戮一经传开，南就周边的百姓纷纷逃离家园，远走他乡。于是造成了南京周边赤地千里，农田无人种的场面。洪秀全打着摧翻清朝爆政，为百姓建造一个人人平等的世界的旗帜，却另一方面对百姓进行惨无人道的迫害与杀戮，岂不可笑无比。
六月，当僧格林沁正在北方，挥军消灭捻军残余势力的时候，当天军再一次打败反扑而来的江南江北大营之后。天军坐稳了南京这座历史悠长，繁华无比的大都市。只是经过天军一轮清洗衣之后，原来繁华的大都市已经变成了一座鬼域，人口少了一半还多。由于天军在南京城里没收了人民的财产，经济也随之萧条一片，再无人也来天京做生意。
而此时太平天国的高层之间却没有注意到这些他们正在准备着再一次的扩大天军占领区的计划。六月，天国领袖人物天王洪秀全等人在刚刚落成的天王府里招开了第一次王国政治会议，讨论了天国未来的战略方向。经过将近几天的会议，众王爷与将领制定了以天京为中心，实行“西征东进南拒北伐”战略方针。经过一个多月的准备，天军发兵二十五万，以翼王石达为主将，开始西征，兵发江西南昌，湖北武昌等地，同时太平天国还以大将林绍章这将领兵十万进入湖南境内岂图消灭盘据在湖南，对天军威胁最大的向荣与左宗棠的湘军部。而在北方，天军以国宗赖汉英，大将胡以晃为将，兵发安徽，威胁江北大营，经略安微等地。
六月末，天国收到来自淮北的捻军残部的求援消息。盘据在淮北等地的捻军起义军被僧格林沁与肃顺一步步残食得只能在安徽州，六安，三河等狭小的区域之中垂死挣扎。无奈之下，原本与太平天军毫无关系的捻军首领决定接受天国的领导，请求天军北上支援。洪秀全正在天京做着皇帝过瘾呢，听说在北方咸丰的脚下有这样一支部队愿意听从自己的领导，又为了恫吓一下远在北京的咸丰，洪秀全决定发兵北上支援捻军，同时见机行事，能直下北京就再好不过了。于是洪秀全于咸丰三年七月初以李开芳，林凤祥为主要将领，率精锐天军三万余人北上。
话说三头单表一支。且说李开芳等人率领精锐的三万天军经安庆，过池州，直上安徽中中心重镇庐州，庐州是江北大营主帅琪善的大本营，虽然一路上天军北伐军势如破竹，攻无不克，但是到得庐州之后，李开芳等人终于遇到了一块硬骨头。由于天军在南京城做得太过了，消息传到安徽之时，人人惊慌，生怕被太平军破城之后来个血洗庐州，于是在琪善的建议之下，在庐州富绅的支持下，全城百姓，富绅家丁全部上城防守与天军血战。李开芳在庐州城下攻城数日而不能下，清军军民一心誓死不退，天军军粮告磬，无奈之下，李开芳等人只得弃庐州继续北上，几日这后，天军攻克滁州，转入防御相对较弱的苏北地区。
在接到天军北伐的消息之后，咸丰犹豫了很久，不知道到底是放天军进入河南等地，之后北上天津，按照历史上那样，将李开芳等人围困在天津独流等地还是干脆不让天军进入河南等地，直接将其消灭在安微境内呢。这是一个非常困扰的问题。
放天军入河南山东，无疑可以让李开芳等人变成一支孤军，在外无援军，内无粮食的困境下全军覆没，但是这样便会有一个非常头痛的问题。如今自捻军之乱之后，河南等地的劝减之策实行地格外顺利，这些地方现在可以说情况非常良好，各地实行劝减之策非常积极。如果放天军入河南，这大好之局便会付之一矩，白忙活了几个月。而如果不让天军入河南，万一要是不能将天军全部消灭，让其窜进苏浙等富裕的地方，把江南搞得一塌糊涂那也是得不偿失的。
犹豫再三，咸丰终于于七月的时候收到了僧格林沁发来的捻军起义平覆的消息，得到消息的咸丰大乐。捻军一灭，新军便有足够的力量来对付李开芳子。于是咸丰下令，任僧格林沁为新的两江总督，协助琪善围剿北上的李开芳部。经过数月来的战火洗礼新军无疑已经变成了一支精锐中的精锐之师，在与捻军交战之中。新军无一败责，每战都以极小的损失赢取了巨大的胜利。得到咸丰让自己挥师南下的消息之后，心里一直惦记着与太平军一见真章的僧格林沁，迅速收拢兵力军指苏州。
李开芳在攻克滁州之后，休整数日再次挥北上当他来到毫州之地之后，捻军早已被清军消来多时了。毫州城刚复不久，清军在城里稍做抵抗便逃之夭夭了。天军毫不费力地攻克了毫州。见接应捻军无效，李开芳一面在毫州城内休整军队，一面派人火速加天京将捻军失败的消息通知洪秀全，希望得到洪秀全的指示。而李开芳不知道毫州城实在是僧格林沁为了捕这条大鱼准备了多日的一张坚固无比的巨网。
七月十三日，在得到天军攻占了毫州城之后，率部南下的僧格林沁迅速做出反应，从苏州出发率两个师兵进毫州，并知会肃顺让他集兵永城方向，防止天军北上，脱离包围网。原来，僧格林沁得知李开芳一部不过三万余人，而且一路上并没有得到多少兵员补充之后，制来了以毫州为诱饵，在毫州围绕歼天军的战略。当李开芳离开滁州之时，僧格林沁就已经到达苏州了，并且将毫州城内的守清全部撤走布置，联合肃顺一部五万余人埋伏在毫州外围，目的就是要将天军困在毫州。七月十五，僧格林沁终于在天军开拨之前到达了毫州。
天军的北伐就像长沙之战一样成为了天军战史上一个让人无法猜透的迷。同时天军北伐的失败也被太平天国年轻将领李秀成编为“天国十误”之一。当年天军长沙之战，仅仅由萧朝贵率领了二千多人的人马便对长沙坚城发起攻击，致便西王萧朝贵饮恨沙场。而天军北伐同样让人生出不可理解的疑惑来。
天王洪秀全在商定了天国定都京之后，与众将领议定了今后的战略方向。却唯独将北伐放在了最后面。天国在西征战场上投了数十万军队，在江南同样有数十万军队，然而最重要的北伐军却仅仅只有不到三万人。虽然这三万人都是天国精锐之师，但是如此孤军突进，还没有后援的情况下，失败是难免的。于是我们要疑惑的是，洪秀全派遣这支孤军北上到底是为了什么？接应当时在北方起义的捻军可能是一个方面，但是由于捻军各自为战，根本没有多少听从天军的调遣，于是这个目的的价值性便不再存在了。
我们再来看看历史上李开芳，林凤祥这支孤军在北进的道路上又采取怎么样令人难以理解的路线？历史上自天国定都天京之后，洪杨两人便商议北伐，于是由李开芳，林凤祥率军从扬州出发，出师北伐。大军于1853年5月28日攻克安徽凤阳，6月3日攻占河南重镇商丘，杀清军三千余人，杀得清军闻风远逃，不敢与之战。6月大军再次从商丘开拨，于6月27日从河南巩县度过黄河天险，之后便连克温县，武涉等县城，进围怀庆府（今沁阳）。沁阳城坚，天军两月而不克，余是转道西进，破沉济，入山西境内。之后再次势如破竹，连续攻克了垣曲，绎县，平阳，洪桐，黎阳，露城等城池，再次折回河南境内。9月，大军北向攻克清军军事重镇临名关，清军大批溃退，钦差大臣油尔经额被贬。之后大军再次先后攻克十数城池，士气高扬兵逼直肃保定府。此时清朝振动，仕宦富绅纷纷逃离，连咸丰皇帝都准备逃往热河。然而大军在这里做出了让人意表的举动。北伐军并没有趁胜进逼北京，而是转道进放天津。最终被清军包围于静海，独流一线。大军不适时进攻北京城，当然有当时咸丰下令清军拼死抵抗的原因，但是当时的清军无论满八旗军，还是蒙古骑兵，都已经被北伐军杀得人心丧胆，军心不稳，根本没有和北伐军一战的斗志。如若北伐军可以一直兵逼北京城下，虽然说不一定能攻克北京城，但是也能够起到威胁之用，使，阵兵江北的清军大营放弃对天军西征军的防碍，收兵北上解北京之危，如此天军西征军便可以毫无顾及地进占空安微，湖北等地。
北伐军被困天津之后，由于缺少补给，时已入冬，天军都为南方人，不习惯寒冷，于是北伐军不得不被迫突围，至此北伐失败。北伐军在经过两年之多的逃亡之后，最终全军覆没。
如今多了咸丰这个定数，北伐军更是连转战六省之地的机会都没有了。七月，李开芳占据毫州之后，一面等待洪秀全的命令，一面整休军队，根本不知道毫州城是僧格林沁与肃顺布下的一张网。李开芳的北伐军在占领毫州十天之后，大军被合围，至此，北伐军的覆没之期已到。
僧格林沁在收到咸丰封他为两江总督之时，便与肃顺商定了以毫州为网，请君入瓮计策。僧格林沁充分知道新军战斗力的强大不是用人数就可以说明的。在剿捻的战役之中，新军往往几百人的队伍便可叫敌人数千甚至上万人无法动弹，而太平军与捻军都是一样只懂得长枪大刀的喊打喊杀的军队，对于装备精良，训练有素，而已具有新的战略思想的新军来说，根本不是什么大问题。僧格林沁充分认识到这一点，大胆地放天军入城，之后再以优兵力将天军围在毫州这座小城之内。五万新军对三万天军，这对僧格林沁来说还是有点杀鸡用牛刀的意思。最好是太平天国得知北伐军被困然后派兵来救，那僧格林沁才会高兴。于是僧格林沁仅仅在毫州城内仅仅只放了一个师两万多人的部队，而另一个师却被僧格林沁埋伏在天军可难来援的道路上，准备来一出围点打援。