对于白彦虎的归降，马福祥兄弟是非常不愿意的。他们不但不喜欢白彦虎这个为了自己的私利，而置几万陕西起义军不顾野心，同时也对这个与阿古柏这样的侵略者同流合乌的行径而不耻与伍。当那名士兵说出了白彦虎派来的使者的目的的时候，两兄弟同时站起来，大声向左宗棠阻止道：“司令，绝不能答应他们。如此一来大清的颜面何在，大清的威严何在？“
左宗棠很理解两兄弟对于白彦虎的痛狠，但是他却不得不为新疆新的局势多做一些考虑。阿古柏的入侵已经被镇压了，可是俄国人却趁着阿古柏东侵吐鲁番的时候，出兵占据了北疆。现在的时刻，左宗棠最需要的便是后方的稳定与时间。
他在指挥所里转了一几圈，不无无奈地对着马福祥两兄弟苦笑地道：“两位将军，不是左某人不顾及朝廷的威严，实是现在新疆的危机未除，我们还需要时间去驱逐洋人。在吐鲁番与阿古柏的残部消耗时间只会对我们有百害而无一利。相对白彦虎的罪恶来说，北疆更加重要！“
大军新平定了阿古柏的南疆叛乱之后，左宗棠需要时间修复战争以及阿古柏统治新疆之时给南疆带来的伤痛。被叛军占领的城池需要收复，被驱散的百姓需要安抚，而重中之重的新疆各势力被消来之后，留下来的政权空白需要左宗棠花费精神去接收与调整。
马福祥两兄弟知道左宗棠说的都是事实，恨恨地叹了一声之后，只得同意了左宗棠收编白虎军的要求。两天之后，白彦虎带着数十名白虎军的残余部下，以及阿古柏血淋淋地人头来到吐鲁番，向清军投降。左宗棠实现了自己的承诺，他没有过多的追究白彦虎的罪过，让白彦虎将功补过，率着白虎军的残部纺入兰州军区序列，接受整改。
同时随着阿古柏的死亡消息渐渐在南疆传开，原本被洪福洪汗国占据的所有地区与城池纷纷倒戈，将洪福汗国的守将领杀死，引领大清军队入城。左宗棠一路率军急进，仅仅只用了一个多月的时间便轻意将南疆收复。
随后，左宗棠开始整肃南疆的政治局势，将原本在南疆势力巨大的几个新疆旧势力解除武力，将七大城池撤番置县，上报朝廷，让朝廷尽快派遣官员到新疆复任。
随着左宗棠迅速地收复南疆，咸丰开始将注意力转向侵入北疆的俄军身上。面对着俄国屡教不改的举动，这次咸丰并没有直接向俄国宣战，他第一时间公开向外界宣布接见前来北京求见他的德国驻华大使马克夫。
大清的这一举动严重地振悍了欧洲的“三国协约“集团，三国惊恐地发现，即使大清一片乱蓬蓬的局势，仍然对协约之间会产生严重的威协。在咸丰招见了马克夫不久之后，英法两国的大使专程赶往了北京求见咸丰，一来表示其对俄国人的侵犯行径感到报歉，二来也是想打听咸丰与马克夫之间到底有没有像外界传言的那样，某此对协约国有巨大影响的条约。
可惜他们却一无所获。咸丰除了对俄国人一而再，再而三的入侵大清的行径义愤填膺之外，便是不断地遣责英国人伙同俄国人唆使阿古柏入侵新疆，造成了新疆今日无可挽回的损失。
“大清的土地，一寸也不会让任何外人夺走。大清的勇士将不惜一切代价，将入侵大清的敌人赶出大清！“这是咸丰当着英法两国的大使当廷哮的话。
两国大使带着无可奈何的心情，紧急发报给俄国，希望俄国人在激动大清的愤怒之前，尽快从乌鲁木齐撤军，以免大清与德国之间达成同盟协定，到时候英法两国虽然没有什么好果子吃，而处在中德两国之间的俄国将会是最大的受害者。
面对着好不容易从新疆夺取的成果，俄国人一时犹豫不决。他既不想招惹大清，使得大清对俄生出报复，也不想就那么轻而易举地被大清的威言恫吓几句便灰溜溜地退回俄国境内。
俄国人需要考虑自己的得失，但是左宗棠却不会给俄国人任何多余的时间去考虑自己的得失。在平复了南疆的****局势这宾，左宗棠马不停蹄，率领大军向乌鲁木齐开进。对于北疆，左宗棠志在必得。他让金顺与李锦棠为先行，带着大军，沿着俄国人难以预料到的路线，突出骑兵，很快便将乌鲁木齐从俄军手中夺了回来。
原来，金顺与李锦棠率军从阜康出发，以声东击西之策迷惑俄军，一面沿着俄国防御严密却供水方便的小路，出敌不意地迫近了乌鲁木齐的北面重地古牧地。俄军没有想到清军不是沿着大道而来，却是从自己防御严密的小路前来，一时被打得措手不及。
清军攻克古牧地之后，迅速将乌鲁木齐的外围俄军据点一一肃清，最后，清军利用大炮，将乌鲁木齐的城墙轰倒，大清军从缺口处冲入城中，将守城的五千余俄军，全部歼灭。随后左宗棠命李锦棠守城，让金顺趁胜追击俄军。
清军气势如虹，一路穷追打，俄军根本没有办法稳住防线。加上此时的俄国大本营对于俄军到底该坚守大清的北疆，还是听从英法两国的建议，撤出北疆出现了几种不同的声音，俄国大本营对于北疆的俄军军事行动，一直没有明确的表态。
这使得俄军在北疆的行动，行止上无法统一，增援与要增援的人都无法对局势做出准确的叛断。清军一路之上，先后将被俄军占领的昌吉、呼图壁及玛纳斯北城。咸丰二十二年十一月六日，俄国大本营终于就俄军在大清新疆的军事行动做出了最终表决。
俄国政府希望能够借助英法两国的压力，最后坚守住玛纳斯南城，如此时间一托延下去，大清必定无法承担西北平叛的巨大消耗，最终只能无奈地坐下来，与俄国人和谈。俄国希望借此，与大清划出新的西北国境线，从而达到其彻底占领玛纳斯一带的目的。
金顺的大军攻击到玛纳斯的时候，遭到了俄军此战之中，前所未有的强烈抵抗。金顺在玛纳斯南城之下，强攻月余，损失巨大却一无所获。时已入冬，大雪即将来临。眼看着俄军的阴谋即将得逞。
左宗棠让还在清剿山中俄军残余部队的李锦棠部放弃清剿，迅速增援金顺。李锦常闻讯，率领大军急进增援，终于在大雪封山之时赶到玛纳斯南城，并与金顺一道将城中的俄军歼灭。俄军溃败，再无险可守，于当月退回俄国境内。至此，俄国的阴谋宣告泡汤。
咸丰二十三年初，大清政府对于俄国人三次入侵大清领土的无礼举动，作了反应。三月，大清外交部长李鸿章再次前往美国，争取到了美国人对于清俄战争的默认承诺。四月，大清政府宣布，对于俄国的无礼举动，大清将在日本沿海驱逐俄国太平舰队，并且再次出兵日本，对俄国在日本的势力彻底清除。
俄军太平洋舰队是一支俄军新建不久的舰队，为了能够尽快地壮大太平洋舰队。俄国人在日本疯狂建筑船厂，使俄军太平洋舰队的数量一度达到了数十余艘。其中仅战列舰便达到了惊人的五艘之多。
为了能够彻底的消灭俄军太平洋舰队，大清决意出动了北洋、东海以及太平洋舰队共大小战舰一百余艘，战列舰十艘，装甲巡洋舰二十五艘。这其中便有大清最新研发的新式“秦皇级“超级战列舰--飞扬号。
飞扬号，长达三百余料，宽一百余米，设计航速二十节，最大航速二十五节。最大排水量达到了惊人的二点六万吨，是当前世界上最大的战更舰。飞扬号战列舰采用了最新一火力中轴线设计，主炮由八门400多MM的三联装组成，其余还有副炮大小共二十四门。
面对如同海上巨无霸一般的飞扬号战列舰，俄军太平洋舰队的舰船，只能望洋兴叹。飞扬号坚硬的装甲厚度，让俄军战舰的炮弹仅仅只能在他的表面上炸起一个个小小的白点，却对他毫无办法。
但是所有被飞扬号轰中的俄军战舰，不是立马沉没海底，便是浓烟滚滚，狼狈逃蹿。俄军太平洋舰队在顽强抵抗了大清联合舰队长达半天的强攻猛打之后，损失了半数的战舰，一路疯狂向南急退，至此，俄军人在太平洋上苦心经营了十年之久的坚固保垒，被大清的舰队毁于一旦。
失去了军港的俄军太平洋舰队，只得如流浪狗一般地由英国的印度洋舰队接回巴尔各达港，过上寄人篱下的日子。
肃清了俄国在太平洋上的势力之后，大清立马便占据了俄国在日本经营许久的地盘，并开始了咸丰制定了十几年的分裂计划。大清政府再次向日本德咱幕府出售了一批大军淘汰下来的武器弹药之后，大力鼓动了德川幕府对盘踞在长州藩一带的日本天皇一党势力进行打击。其目的便是逼迫英国从日本退兵。
咸丰二十三年夏，英国政府在与大清商谈之下，决定撤出日本的驻军，并将日本的长州藩地区移交给大清政府管理。英国政府为此，得到了大清一纸在将来有可能出现的世界大战之中，在没有大清自身没有受到协约国一方的危害之前，不向与德国同盟的约定。