冯子才怎么也没有想到，战斗才一开始就会变成这样一种场面。数千林芝土兵不顾生死，冲进了叛军的骑兵群里。战场上顿时便传来了惨烈的哀嚎。由于林芝土兵与叛军骑兵已经混到了一处，叛军的炮火不再能发挥作用了。只是战场上，土兵们的巨大伤亡令冯子才感到痛心。
随即冯子才不堪土兵们再如此毫无价值地死去，开始挑选枪法精准备士兵，为林芝土兵们火力支援。在官兵产的支援之下，原本与土兵产战成平手的叛军骑兵开始渐渐支持不住，最后终于开始溃退过河。
这时，冯子才以为林芝的土兵因为打退了叛军而返回阵地，却没有想到这些土兵不但没有快速返回阵地躲避叛军即将到来的炮火阻击，反而一拥而上，继续追赶过河，想要将叛军冲峰部队一举歼灭。
他们这样做的结果是显而易见的。叛军的骑兵很快便与土兵们拉开了距离，叛军的炮火再次响了起来。土兵这时才眼看追击不上叛军，而自己的伤亡却在不断的增加，才终于开始掉头跑回阵地上来。
就这样，叛军的第一次试探性攻击被林芝土兵用血与肉打退了。三千叛军骑兵在河边损失了一半，而林芝的土兵也好不到哪里去，七千多人冲出去，能够跑回阵地里的土兵仅仅不到三千人了。一次战斗，冯子便损失了大半的兵力，这让他既痛心又愤恨。
他将自己的阵地里的一半士兵再次抽掉到了土兵的防线上，帮助土兵共同防守，同时也是为了不再让土兵重演上一次的悲剧。可是土兵却并没有因为自己以多数的伤亡代价换回了敌人少暂时退让而感到悲伤，反而在阵地里欢呼，仿佛战斗的胜利已降临到了他们的身上。冯子才哭笑不得。
第一波叛军被打退之后，叛军的炮火再次对守军的阵地进行了大规模的轰炸，这次由于有官兵们的指导与阻止，土兵们再没有像上一次一样，听到炮响便抱头蹿出阵地，而是学着官兵的样子，一个个乖乖地趴伏在战壕里，等待着叛军炮火的平息。
炮火直至一个时辰之后才彻底平息下来，此时，叛军的第二次进攻又开始了。五千人的步兵部队与一千多人的骑兵部队配合行动，行进有秩，阵容松散却不混乱。冯子才知道这是叛军之中的精锐部队。
他不敢大意，没等到叛军走近自己，便命令正面阵地与左翼阵地的官兵们向叛军的冲峰部队射击，以此来吸引叛军的注意力。叛军刚刚过河便被官兵来了个下马威，冲在最前头的叛军脚刚刚踏上河滩便被官兵精准的射击打倒一大片，损失了一两百人。
但是这小小的伤亡并不能吓倒叛军，反而见到了己方的伤亡叛军的冲峰速度明显加快了起来。叛军山呼海啸一般的冲向守军的阵地，冯子才大喝一声，命令部队全线开火，阻击叛军。林芝大土司冬不勒甚至连城内的几门用来守城用的老式土炮都搬到了阵上，用来阻击叛军的进攻。
只可惜这种攻击力低下的老式实心炮，除了能起到威吓敌人的作用之外，一无是处，反而引起了叛军炮兵的注意。土兵们刚刚还没有放上几炮，叛军的炮兵报复性的炮火便随之而来，土兵周围的炮手与搬运炮弹的土兵瞬间便被叛军的炮火淹没。
战斗打得十分激烈，由于林芝土兵的火绳枪根本没有官兵的步枪以及叛军的步枪射程远，在起初一段时间内，土兵们根本无法对叛军起到杀伤作用，阵协上虽然枪声响彻底天地，但叛军的伤亡却很小。
在双方僵持了一个多时辰之后，叛军终于冲到了离守军阵地仅仅三四十米的地方了，眼看着阵地就要被叛军给突然破了，冯子才此时再也管不了那么多了，第一个从战壕里站了起来，大手一挥，大声喝道：“勇士，跟我杀啊--！“
冯子才的这一声大喝正好应了土兵们的味口，林芝的土兵顿时纷纷丢弃手中放射缓慢，攻击力低下的火绳枪，操起一旁的战刀，伴随着冯子才的喝声，呼喊着冲出了战壕。有了官兵的加入，这次的近战，守军胜得很完美。叛军的士兵虽然会使用新式枪，却对刺刀战一无所知，根本不懂得如何配合。
而反观官兵却是三三为一小队，有攻有守，相互配合着，将叛军的士兵一一刺倒。而一旁助战的土兵也是战意高涨。他们心中的寄托，那就是他们崇敬的活佛。活佛就在城中，为了保护活佛，他们哪怕牺牲了自己的生命也再所不惜。
六千多人的叛军部队再次被守军们打退。这次土兵们再没有像第一次一样冲出去追击叛军，而是乖乖地跟着官兵们，在叛军退走之后，像征性的追击了一下，便快速地跑回了阵地里，埋头抱脑，趴伏在战壕里。果然不久之后，叛军的炮火再次响起。
就这样，守军与叛军不断地如此撕杀，反复争夺，终于将阵地死死守住，虽然这一天，守军付出了巨大的伤亡，但是叛军也同样受到了不小的打击。当阳光慢慢地从地平线上消失的之后，热闹了整整一天的古纳子河，终于归于平静了。
战后，冯子才粗略地估计了一下第二天战斗的伤亡情况。结果很令他感到担忧，仅仅在上午的第一次阻击当中，林芝土兵便伤亡了一大半，而在下午的几次肉搏战之中，官兵的伤亡也同样巨大，五百多人的部队，到战斗结束，也只余下了一半人不到了。然而朝廷的援军却还不知道会在什么时候会出现，守军能不能守到朝廷援军的到来，冯子才没有一点把握。
深夜，冯子才借着叛军不敢夜晚发动进攻的机会，回到了林芝场城内，他找到了冬不勒为活佛安排的地方。在这里，冯子才看到了与往常没有一点改变的活佛。城内的惨烈撕杀，除了让这个一生慈悲为怀的老和尚感到无尽的伤痛之外，他没有感到一丝的害怕。
“尊敬的活佛，叛军的实力太强大了，我们很可能无法支持到朝廷的大军到来的时候。我建议您还是先与林芝的藏民们向康巴地区撤退，等到朝廷的大军到来了，叛军必定会被消来的。“冯子才向活佛简单地描述了一下白天的战斗情况以及己方所面临的危机之后，便向活佛直接建议道。
很无奈的是，活佛这个时候又犯起了他的掘脾气。他微闭着眼，很坚决一摇了摇头道：“我不会走的，林芝的藏民们也不会走的。他们的家在这里。叛军的士兵也是藏民，我相佛祖的慈悲一定能够感化他们的。“
冯子才心中直欲哭无泪，这个老和尚到了这个时候，竟然还想着跟叛军谈经论法，还想着用道理说服叛军。他偷看了一眼闭着双眼的活佛，有了再一次一冲上去将活佛打晕的冲运。不过这次桑巴已经有经验，冯子才刚刚生出这个想法，一旁的桑巴便向他瞪了一眼，显然对冯子两次三翻地对活佛无礼感到不悦。
无奈的冯子才只得再次去向冬不勒说明情况，希望他能够说服活佛，尽快撤退到离四川最近的康巴地区，在那里估计早经被朝廷的大军掌控了，活佛绝对能够安全返回西藏。只是冬不勒也很无奈，活佛的话对于他来说比圣旨更加管用，要他去说服活佛，无异于让孙悟空去杀唐僧。
冯子才很郁闷地回到了阵地上，他在回来的路上已经下定了决心了，不管活佛是不是愿意撤退，他都要将活佛带走。仅管这样做很可能会让林芝的藏民们用脚踩死。但是他不能眼睁睁看着自己的部下一个个毫无价值的战死在古纳子河边，同样朝廷也需要他们这支尖兵，在西藏的纵深之内，扎下一枚钢钉。
第三天的朝阳刚刚升起，叛军的进攻就已经来临了。同样的是用大炮开路，同样的是以绝对的人数优势向守军阵地发动了一次又一次的猛烈攻击。在一个上午的激战之后，守军的伤亡再度增加，林芝的土兵已经所剩无几了，就连冯子才的部下也从两百人锐减到了一百人不到，这里面还有几近一半的伤员，仍坚持在阵地上。
阵地已经无法防守了，再守下去只有死路一条。冯子才再次趁着叛军停止进攻，进行午间休整的空隙，回到了城内。这次他首先就找到了冬不勒，向他说明了阵地已经无法可守的事实，最后，他凑近冬不勒的耳朵，低声建议道：“如果实在不行，我们必须强行将活佛带走，绝不能让活佛被叛军暗害。“
他的意思很明确，活佛是打定了主意要与林芝共存亡的，他的那个所谓“强行将活佛带走“，意思就是将活佛弄晕，向上次在那曲一样，护送他到相对安全的康巴地区去。
冬不勒很为难，但是一想到活佛有可能会被叛军杀害，他便咬牙答应了冯子才的话，同意在军守快要被叛军攻破防线的时候，将活佛打晕，交给官兵带走。而他自己则自愿意留下来，为活佛的撤走断后，为冯子才他们争取时间。
下午，叛军的进攻更加猛烈。仿佛是估计到了守军的兵力已经严重不足了，叛军这次的炮火打击持续了相当长的时间，在下午的前两上时辰里，叛军一直都在用大炮向守军的阵地轰炸，由图这次彻底摧毁守军的防线，毕其功于一役。