就在海军行动的同一时刻，所有潜伏在日本的帝国特工也在当天行动，清晨当日本人还没有起来的时候，无数的身影活跃在日本的各条公路，桥梁上，各个通讯线路上。几乎在同一时，日本政府便成为了聋子、瞎子。函馆那边打得天昏地暗的，而无论是幕府还是天皇都对此一无所知。
函馆炮台上的日军几乎被漫天的炮火炸得抬不起头来，耳边只听得到炮弹飞过来时，发出的尖锐呼啸声和炮弹在地面炸开的巨大爆炸声。一个个用混凝土构筑起来的炮台，被威力巨大的般炮炸成了残桓断壁。
随着时间的推移，日本海军终于可以清晰地看到大清帝国的海军舰队的模样了。日本战舰全部都是由美国进口而来。他们的战舰清一色的都带着浓重的美国气息--样子阵旧、火炮数量虽然多，但是却在威力与射程上大打了折扣。有心帮助炮台减小压力，却只能眼睁睁看着自己的炮弹掉落在清军舰队远处的海水里炸起一个个水注而无能为力。
因为他们不敢轻意往前一步，就在他们面前不无处的海底里，早已经藏着数十艘清军的潜艇，只等着他们敢越雷池一步，便会被数十枚渔雷击中，瞬间沉没海底。日本海军只能干看着急，但是炮台上硝烟四起，日军伤亡惨重，再不能得到海军的支援的话，用不了多久，炮台就会失守的。
终于按耐不住的日本海军爆了出了什么最原始的疯狂。一艘艘小型战舰，为了能够为身后的主力战舰冲出一条道路来，浑不顾自身的生死，发疯一艘地冲向清军潜艇们设制的阻拦圈。
随着日军舰艇的冲上来，清军潜艇也随之缓缓浮出水面，一座座黑色小山一般的潜艇，毫不留情地向冲上来的日军舰队艇射出了一枚枚的渔雷。冲在最前面的几艘日本小战舰瞬间就被几枚渔咬住，四燃起了大火。
但是日本人的疯狂还是得到了回报的，他们用自己的死亡带来了清军潜艇露出踪影的代价。见到清艇浮出水面的日本军战舰抓住这千载难逢的机会，向清军潜艇开炮了。由于潜艇本来就是在静止位置的，这一露出水面，完全就成了战舰的耙子。
虽然意识到自己的危险，但是这些英勇的潜艇部队却还是坚韧不拨的履行着自己的责任--决不放过任何一艘日本战舰冲出包围圈。几艘浮出水面拦截日本战舰的清军潜艇，被日本海军的炮火击中，海面上浮起一层油污。潜艇脆弱的装甲，是他们最大的弱点。
勇敢，不只是只有疯狂的民族才拥有。清军潜艇知道自己这白天浮出水面，必定是九死一生的结果，但是他们却没有任何犹豫，几艘重伤的潜艇，就在自己快要沉没的时候，将自己身带的全部渔雷全部都投放了出去。一枚枚愤怒的渔雷，将拥挤在一块的日本舰队炸得四处开花。
清军海军追风号上，余永航看着开始反击的日本舰队，脸上冷笑着道：“这群小王八，居然给脸不要脸了，还敢冲出来反击。早知道这样，刚开始的时候，还不如一通炮火送他们进海底见龙王呢！也不知道内阁跟皇上是怎么想的，硬是要留着这些破船，这群小王八能享受一下大清帝国的潜艇的威力，真不知道哪生修来的福气？“
“嗯.“刘永福若有所思地嗯了一声道，“看来，皇上对日本这个民族还是很了解的。真是一群不见棺材不掉泪的蠢货！“
“皇上什么时候说的？我怎么不知道？“余永航疑惑地回望了一下刘永福道。
刘永福不理余永航，一副就不告诉你的神情道：“你还是想想怎么把日本人的战舰搞定吧。我的儿郎们可是等不及了，眼看着炮台上也没有什么东西好让你浪费炮弹的了，该到了咱陆战师表演的时候了。“
他说完打了哈欠，也不知道他刚刚眼不转睛地盯着日本人的炮台是在看什么，这样子，一点不像一个指挥官，刚刚在观摩一场战役的样子。余永航今天算是被这老搭挡噎得够惨的了。不过刘永福说的事情确实是一件比较扎手的事情。在来之前，内阁就给舰队发下了通告，对于日军的战舰，能够留下来就留下来，那也是钱啊。虽然样式阵旧了些，火力差了些，但是拿回来，改改就是一艘全新的战舰了。那可是好几百万两银子啊。
可是现在日本海军全力反抗，他现在是打又不知道打不打得，不打吧，几十艘战舰停在那里，陆战队怎么登陆啊？他有些拿不定主意，见刘永福还没有走远，一把跳过去拉住他的衣服笑道：“老伙计，咱商量一下。平时你主意多，现在兄弟有难，你不会见死不救吧？“
刘永福气定神闲，缓缓伸出两个手指。余永航与他搭挡了多年，早就明白他的意思了。他心里愤愤地骂了一句老泥湫，一边脸上毫不动声色地道：“好，两瓶就两瓶。只要主意行，两瓶矛台算得了什么？“
可是没有想到的是，刘永福去只奸笑着摇了摇头，道：“不是两瓶，是两箱。你给不给，不给拉倒！“
这下余永航差点没气得要跳脚。可是自己的短处被人家拿了，他没办法，狠狠咬呀道：“好，两箱就两箱。要是你出个馊主意，看我要你好看！“一边他心里却在滴血。两箱矛台啊。刘永福这王八蛋一般的酒他都不喝，连矛台都得喝最好的。想想那两箱矛台，再想想自己的奉禄，估计这次一个月的奉禄是打水漂了。
刘永福得意一笑，凑过去对余永航小声道：“笨蛋，内阁只叫你能够留着这几条破船就留着，可没叫你一定要留着。到时候一通炮火轰过去，能留几条是几条，连这个都要我教你，还海军大臣呢你！“
说完也不等余永航发作，径直叫来自己的一名参谋道：“去传令儿郎们，咱们要开工了咯。呵呵.“他心里恼了余永航昨天将他的酒全丢海里，这次抓机会，总算是把昨天被丢掉的酒全赢回来了，还让余永航吃了闷亏，心里别提多得意了。
这边被刘永福讹诈了两箱矛台去了余永航心里又气又郁闷。这条老泥湫果然鬼点子够多，他顾不得跟余永航再磨嘴皮子了，炮台上的战斗快接近尾声了，再不快速让陆战队登陆，战机就要被延误了，于是急忙唤来一名参谋道：“传令舰队将炮口对准敌军战舰，给老子往死里打！“
在老搭挡面前丢了面子的余永航决定要在日本人的战舰上找回自己的威风来。这就苦了还在苦恼着想办法怎么突然破清军潜艇包围的日本海军了。他们还在用为数不多的战舰去以命换命的方法引出更多的潜艇来，冷不防，一通铺天盖地的炮弹掉落下来，扎成堆的日本战舰，顿时被一片炮火覆盖了。
日本旗舰天皇号成了清军海军轰炸的重点对像，追风号那四百多毫米的主炮尽往天皇号上落。天皇号射程不够，美国人为了提升战舰的火炮数量，连战舰的装甲都不顾了。天皇号挨了追风号十几枚炮弹之后，船甲板上就开始起火了。
日本海军司令东乡平八郎，一面强自镇定地坐在指挥仓里，指挥着士兵们灭火，一面在心里暗骂美国鬼子的东西没一件好的，到现在为止，日本海军除了炸掉了清军几艘潜艇之外，还一无所获--没射程啊，摸不到人家！
日本人只能干跳脚，清军却是炸得欢。没过多久，就有几艘日本战舰受不住轰炸，开始向一侧倾斜，不过还好，他们离海港近，只要调转头往港里开，就能搁浅在港口上。余永航就喜欢日本人这样干。这样来，虽然日本人的战舰是被自己的炸坏了，可是船身还在啊，补补拉回去，也算是交差了。
函馆炮战进行了将近三个多小时，日本海军终于在清军强大的炮火之下，彻底失去的反击的能力，虽然还有几艘受伤的战舰仍在向清军舰队徒劳的发射着炮弹，但是这已经不能防碍陆战队登陆作战了。就在日本天皇号再次被几枚重磅炮击中，船身开始倾斜，缓缓向港口开去的时候，余永航一声令下--准备登陆！
早已整装待发的大清海军陆战队坐着数十艘运兵船越过舰队，向函馆炮台上冲了过去。此时的日本军炮台，早就被清军的战舰炸成了一片废虚，根本无法对陆战舰起到任何的阻击作用。
第一波陆战队迅速得顺利登陆，很快便在海滩上筑起了滩头阵地。之后随之而来的后续部队越过阵地，向炮台上的日本守军发起冲峰。一艘艘搁浅在港口的日本战舰还岂图昨用舰炮对炮台守军做掩护，但是被清军舰队的几发炮弹警告了之后，随之哑火。
陆战队登陆十分顺利，几乎没有遇到任何像样的抵抗便将炮台战领。炮台的日军早就没有抵抗的意志，见清军大批陆战队登陆了，还没有开一枪便大批向后撤退了。随后清军舰队进行延伸打击，将日本海军彻底包围在海港里，函馆炮台失守。