却说黄帝斩杀蚩尤，班师而回。九天玄女和旱魃等人押着雨师向黄帝告辞，径回天庭复命。秦华见事已告一段落，盘算一番之后，也向黄帝告辞。并说道：“贫道尚有些许事务需要处理，就先行一步了。人皇若有需要，它日尽可来流波山找我，贫道必尽力而为。”语毕，驾云而去。却不回山门，径往常羊山而去。
那风伯被秦华与广成子打跑，念及蚩尤与雨师二人被黄帝捉去，心中忧虑不安。思及刑天去了天庭，久久不回，不知出了何事。于是望天庭而去，希望能将刑天找来，同去救回蚩尤等人。
待他来到天庭，却发现刑天正与玉帝饮宴，二人相谈甚欢。不由气的浑身发抖，指着刑天大骂一通。刑天连忙追问之下，才知道发生了何事。急忙向玉帝告辞而出，欲下界相救蚩尤。
二人来到涿鹿，却发现黄帝军早已离去。空气中弥漫着大巫临死前留下的血腥与沧桑的味道。大惊之下，抓了几个留守当地的黄帝军军官来问，知道蚩尤已被黄帝杀死，而风伯却被九天玄女等人抓回了天庭。
此时此刻，刑天哪里还不知道自己遭了昊天玉帝的算计了。那玉帝分明就是想拖住自己，好让黄帝军从容擒杀蚩尤。亏得自己还一心想着霸占天庭，恢复巫族荣光。也是一时鬼迷了心窍，竟落入了套中，害死了蚩尤，还害的雨师成为阶下之囚。
刑天自责不已，恼怒非常。自觉没面目回祖巫殿见一众族人，心里对算计了他的昊天金阙玉皇大帝恨到了极点。一把扯起干戚斧，怒气冲冲地向天庭而去。决意要教训玉帝，救回雨师。
那刑天杀气凛然地闯进天庭，将一众仙女惊的四散而逃。昊天玉帝正打赏手下相助人皇的有功之人，眼见刑天如此无礼地闯将进来，还将天门打坏。心中也是恼怒不已。暗想：我乃道祖亲封的天帝，你刑天竟敢如此藐视于我，实在该死！不让你知道我的手段，天下人还道我昊天真好欺负不成。
玉帝有心立威，也不叫手下众将，自手提宝剑与刑天战在一起。那昊天玉帝乃是鸿钧道祖身边的道童，也不知跟在道祖身边多少年。一身法力神通厉害非常，早已达到准圣之境。手中昊天鉴又是顶级的先天至宝，威力非凡。刑天却也是巫族极负盛名的大巫，武艺神通皆是顶尖，战斗经验丰富。二人这一番龙争虎斗，直杀的天昏地暗，让人看得目眩神迷。渐渐二人打出天庭，不觉来到常羊山旁。
那玉帝神通无数，渐渐却是占了上风。趁刑天不备，一剑削去。只听“咔嚓”一声，将刑天脑袋砍落在地。也是刑天自恃大巫金身强悍，历来战斗都缺少防备，这才有此一失。
那刑天精修巫族密法，巫术诡异莫测，早将魂魄与金身紧密结合。虽掉了头颅，却仍未死。一边持盾防备玉帝攻击，一边空出一手在地上乱摸，欲将头颅寻回安上。那玉帝见刑天还未死，惊异非常，又恐刑天真的寻回头颅，到时又是一场大战。遂把昊天鉴一挥，常羊山裂开一个大口子，将刑天之头落了进去，随即合上。昊天上帝尤不放心，伸手布下符印将常羊山封住。这才转头来见刑天。却没有发现再他布出符印之前，常羊山地底一阵扭动，刑天之头早就不见了。
那刑天虽掉了头颅，感知力却并没有减退。知道昊天玉帝这一番施为定然是将自己的头颅藏起来了。自己可能永远也找不回脑袋了。不由一阵沉默，干戚神兵泛着冷幽幽的寒光，映照在刑天无头的身体上，显得无比悲壮与苍凉。
昊天玉帝一阵得意。却见那刑天身躯突然变化，上身衣服脱落，露出双乳和肚脐来。愤怒的刑天将全身法力往这三处汇聚，使其感应力大增。竟以双乳为眼，以肚脐作口，挥舞干戚，大呼酣战。欲再次上前与玉帝大战。汹涌澎湃的战意笼罩天地，向着玉帝奔涌而来。天地仿佛在这一霎那间变得赤红，竟为刑天滔天的杀气与战意所感，故而显出异相。
昊天玉帝见状大惊，竟为刑天气势所摄，不敢再动手。趁刑天不注意，偷偷溜回了天庭。
那刑天舞动干戚，渐渐感应不到昊天玉帝的所在。心知玉帝已走，随收了干戚。心中踌躇不定，却又实在不愿回去见自己的族人，索性在这常羊山中隐居起来。他却不知在他与玉帝战斗之时，风伯已被天庭一干将士抓住，困了个结结实实，与雨师一道做了阶下囚。
待刑天情绪稳定，秦华从隐身处显出身形。却听刑天大喝一声：“是谁！”手持干戚，戒备地对着秦华。这声“是谁”却是从腹中发出，带着“嗡嗡”的回音。
秦华看着刑天无头的身躯。却依然那么挺拔，那么……渗人。心中涌起一股莫名的同情与佩服。开口说道：“刑天不愧是刑天，掉了脑袋还能这么勇猛。在下不得不说声佩服！”
刑天挺的这个声音，沉默片刻，随即说道：“我认得你！你是秦华，妖族知情司少监。我们虽未交过手，但也见过几面。怎么，你是专门来嘲笑我的么？或者是想趁我重伤之际，取我性命，为你妖族出气？”
秦华淡淡一笑，道：“刑天大巫言重了。巫妖二族均已隐居避世，我也早就不是知情司少监了，你不必对我抱有过多敌意。我此来其实是欲与你做一笔交易，不知刑天大巫又没有兴趣。”
“哼，我和你有什么交易好谈！你走吧，否则莫怪我出手无情！“说着挥舞神兵便要来赶秦华。
却听秦华说道：“莫非大巫不想找回自己的头颅么？”
刑天闻听此语，一阵沉默。半晌才说道：“你有办法？”
秦华喜道：“那么大巫是同意与我合作了？如此甚好！实不相瞒，你的头颅此时却在我手中。”眼见刑天闻知此语，情绪激动。秦华连忙接着说道：“我也可以将它还给你，只是我怎么能确定大巫你是真的与我合作呢？大巫法力高强，秦华自知不是对手，却不得不防！”
刑天恼怒不已地说道：“我巫族中人向来说一不二，从不做欺诈之事。我说愿意与你交易便决不会更改，难道还有什么问题么？”
秦华脸色一正，说道：“巫妖二族仇怨甚深，若不是有些事我碍于身份，实在不能亲自出手，我绝对不会来找你。我们先小人后君子，你将手中盾牌交我保管。事成之后，我再还与你，可好？”
刑天无奈，只得答应。秦华收了盾牌，将头颅还给刑天。也不多看一眼，留下一句话，说道：“我们先说定了，以后有事我会来找你的。”转身匆忙离去。背后传来刑天愤怒的吼声：“秦华贼子，我颅内精血怎么少了三滴，快快还我！”
秦华打个哆嗦，连忙使出滑云术，眨眼便消失不见了。
却说黄帝打败蚩尤，大军班师。炎帝榆罔大摆宴席犒赏三军，极尽地主之宜。却日日盼望黄帝军早日回转西北。谁料那黄帝竟将大军驻扎，并将众军将家眷接来安置，明显有长留此地，鸠占鹊巢之意。那黄帝施行仁政，手下兵多将广，又挟胜利之威，威势日重。周围部落多有投奔黄帝之意，黄帝也一一接纳，好生安置。却绝口不提西归之事。
帝榆罔见状，心中忧虑，日夜不安。遂暗暗整备军队，意欲除掉黄帝。黄帝乃天命之主，手下能人异士极多。百姓又大半归心，并且也早早就有吞并炎帝部落，已成真正的天下共主之心。帝榆罔这边刚一发动，黄帝便知道了。
二军相争，战于版泉之野。黄帝军不费吹灰之力就将帝榆罔击败，三战而擒之。黄帝以神农氏炎帝一脉有大功于民，不愿杀之，放逐帝榆罔于洛水一带。后榆罔精研药理，惠及于民，仓颉造字后，他这一脉后人将神农药理整理成书，编成《神农百草经》流传后世。