俗话说，不当家不知柴米油盐贵。当上国防部长之后。裴承毅才知道为什么国防部会与总参谋部格格不入。
作为国防预算的申请者与管理者，以及掌握的军队人事调动与任命权，按理说，国防部的权力远远超过了总参谋部。更重要的是，第三次军事改革的总体方针就是在提高国防部的同时压低总参谋部。如果一切按照第三次军事改革来的话，总参谋部将成为是一个“双委任制”的机构，即在和平时期接受国防部领导，在战争时期协助国家元首指挥作战。为了确保元首的军队军事领导权，国防部长的地位将得到提升，兼任国家安全事务副总理（国务院只有4位总理，即总理与负责日常工作的常务副总理、以及负责外交、经济与安全中的两项事务的副总理），直接向元首负责。
问题是，第三次军事改革并没完全落实。
归根结底，问题还是出在共和国的政治军事制度上。
顾卫民上台之后，不是不想推动第三次军事改革，毕竟帅永康是他提拔起来的国防部长，通过国防部控制军队，肯定要比通过林啸雷控制的总参谋部来控制军队好得多。问题是几乎没有人支持推动第三次军事改革。林啸雷自然不必多说了，作为总参谋长，他没有任何理由把权力交给国防部。颜靖宇既没有支持顾卫民、也没有支持林啸雷，而是想利用两人相争的机会从中渔利。阎尚隆的态度非常暧昧。毕竟在此之前负责国家安全工作的副总理是由他安排的，而不是由顾卫民安排的。叶致胜的态度也很暧昧，在顾卫民与颜靖宇分出高下前他不会轻易表态。
总而言之，到裴承毅入主国防部的时候，摆在他面前的是一副烂摊子。
用跟随他前往国防部、被任命为国防部长助理的东方闻的话来说，在裴承毅之前，国防部只是个具有象征性意义的行政机构。虽然名义上，国防部掌握着共和国的军事预算与军人调动大权，但是实际上，国防部的权力非常有限，很多政令过不了总参谋部那一关，也就别想下达到基层部队了。
由此可见，根本问题就在国防部与总参谋部的关系上。
在共和国，国防部与总参谋部是两家平行的军政机构，国防部属于行政管理机构，总参谋部则是军事指挥机构。在其他国家，特别是在发达国家，总参谋部基本上都是国防部下设的军事指挥机构，两者是隶属关系，而不是并行关系。解决问题的办法也在这里，即改变国防部与总参谋部的关系，让总参谋部成为国防部下面的军事指挥机构。
毫无疑问，这不是裴承毅能够做到的事情。
以2042年到2047年的情况来看，裴承毅根本不可能让总参谋部成为国防部下设的军事指挥机构，因为顾卫民不可能让与颜靖宇关系密切的裴承毅插手军事指挥权，更不可能撕毁与林啸雷的准同盟关系。在这5年间，裴承毅只做了一件事情。那就是理清国防部与总参谋部的关系，把属于国防部的权力要回来。
由此可见，裴承毅确实有不俗的政治才华。
要知道，国防部一直“萎靡不振”，就是因为很多事情没有按规矩办，原本属于国防部的权力落到了总参谋部的手中，导致两大机构的关系倒置，国防部反而成了总参谋部下面的专门负责管理国防预算的“会计事务所”。只要按照规矩来，把属于国防部的权力交还给国防部，那么国防部就能站在总参谋部之上，成为真正的军事管理机构。
说起来容易，做起来却非常困难。
暂且不说与所有军人息息相关的人事任命与调动权，仅军费开支与管理这件事，就让裴承毅花了足足3年，才让林啸雷放手。
从2042财年度到2044财年度，围绕国防预算与军费开支这两个问题，国防部与总参谋部进行了三场惊心动魄的“大决战”，以及数十场围绕着权力进行的斗争。用外界的话来说，这三年是新老交替的变革时期。
因为才上位，对局势还不太了解，而且与国务院其他部委的关系不太顺畅。所以在就任国防部长的第一年，裴承毅没有要求获得国防预算的支配权，只是在向全体代表大会申报国防预算的时候，与林啸雷达成了一份“君子协议”，国防部不会对总参谋部的预算分配方法进行干预，但是需要掌握每一分钱的去向。随后，裴承毅让东方闻聘请一家独立会计事务所，专门负责国防经费的审计工作。
看上去，裴承毅做出了很大让步。
实际上，裴承毅已经借此机会为夺回国防预算大权打下了基础。
2043财年度，国防部在国防预算阶段开始发挥作用。按照外界的传闻，制订该财年度国防预算计划时，裴承毅带着独立会计事务所的国防经费使用审计报告去了总参谋部，只用了5分钟就让林啸雷做出让步，同意由国防部负责国防预算的审批工作，并且在具体支出的时候由国防部行使监督权。
由此可见，关键就在那份2042年国防预算支出审计报告上。
虽然国防部没有披露这份审计报告，总参谋部也没有透露任何消息，负责审计的会计事务所更是在此事之后关门了事，参与了审计工作的几十名会计师改名换性，离开了公众的视野，但是有足够的理由相信，这份审计报告肯定点中了总参谋部的死穴，甚至存在极为严重的贪污**问题。
事实上，这也就是让裴承毅出任国防部长的最大价值。
在裴承毅之前，帅永康也知道在国防预算开支上存在严重的贪污**问题，但是作为对总参谋部的情况不甚了解的文职官员，就算知道有问题，也没有办法查出问题。更不可能让总参谋长低头。更重要的是，精通行政管理的官员都过于老练，做事圆滑，从而缺乏一查到底的魄力。虽然在这个问题上，裴承毅也表现出了老练圆滑的一面，没有在国防预算开支不实的问题上一查到底，但是他却取得了文职官员怎么也不可能取得的成就，那就是让总参谋长交出了预算大权。
可以说，这是一个了不起的，而且至关重要的胜利。
在此基础上，国防部获得了挑战总参谋部的实力。
当年，裴承毅就以国防部长的身份，亲手砍掉了17项意义不大的军事装备与技术发展项目，额外增设了9个重要项目，并且为16个关键项目增加了拨款。因为裴承毅在第三次军事改革的时候，在装备办公室干了好几年，随后又在物理实验中心参与了基础科研项目的开发工作，所以在军事装备与技术发展方面，裴承毅拥有很高的发言权，几乎没有哪个人敢于怀疑他的权威性。
更重要的是，裴承毅没有因此削减国防预算。
因为减少了不必要的浪费，增加了开支的灵活性，确保了重要项目的投入力度。所以由裴承毅亲自起草的2043财年度国防预算报告更有说服力，也得到了军队里各级官兵的大力支持。
2044财年度，裴承毅卷土重来。
这次，他要的不仅仅是制订国防预算的权力，还要求获得国防经费分配权与国防开支监督权。为此，在2044年上半年，裴承毅就在国防部下设立了两个直接向国防部长负责的办公室，一个负责分配国防经费，另外一个负责监督国防经费的指出与使用情况，而这两个办公室的负责人都由裴承毅亲自安排。
面对国防部长咄咄逼人的攻势，总参谋长连招架的力气都没有。
虽然在2043年行政总结与2044年财政预算大会上。林啸雷提出由总参谋部与国防部共同成立一个预算审批与支出委员会，加强对国防预算的管理工作，也就是说，林啸雷以退为进，希望保住总参谋部在国防预算上的发言权，但是已经站稳脚跟的裴承毅没有答应共同管理国防预算，而是要求按照《行政管理法》与《政府单位改革管理办法》等多部法律与行政法规的规定，由国防部管理国防预算。因为裴承毅提出了适当的理由，而且有相关法律支持，所以在这个问题上，不但林啸雷不好多说什么，就连顾卫民都不好插嘴。加上颜靖宇提供的支持，以及阎尚隆认为应该按章办事，裴承毅的主张得到了支持，最终确定由国防部全权负责国防预算的审批与支出工作。
如果一切到此终止的话，裴承毅就不是裴承毅了。
夺得国防预算大权后，裴承毅做了一件非常重要的事情，那就是借军事人员津贴与福利开支来过问军队的人事大权。
相对而言，人事权比预算权更重要。
可以说，从彭茂邦时代开始，总参谋部能够成为共和**队的“第一中心”就是因为掌握着军队的人事大权。当年，彭茂邦能以总参谋长身份左右共和国的重大决策，并且在赵润东执政期间安排项铤辉上位，除了彭茂邦在军队里的巨大号召力之外，与总参谋部的很多特权有密切关系。到了项铤辉时代，总参谋部的特权不但没有削弱，还因为与王元庆结成了同盟关系而得到加强。可以说，项铤辉在总参谋部的历史地位与李存勋在军情局的历史地位非常相似。与刘晓宾无法撑起军情局的整片天空一样，林啸雷在出任总参谋长之后，也不可能续写总参谋部的辉煌。
随着国防部在人事大权上向总参谋部“开火”，裴承毅夺权的意图已经非常清楚了。
可以说，这是共和国有史以来，国防部与总参谋部搞得最惨烈的一场斗争。
2044财年度，裴承毅就在制订国防预算计划的时候提到，共和**队的人事编制过于臃肿，特别是高层将领的数量远超过实际需要，在没有迫切外来威胁的情况下。应该适当缩减军队规模，重点削减将领数量，为纳税的共和国公民节约上百亿的国防开支，或者把这些钱花到更重要的领域。
要知道，这不仅仅是一份计划，而是一份详细到个人的报告。
这份厚达2000多页的报告立即在共和**队中引起了悍然大*，甚至连普通老百姓都受到了影响。
随着报告内容逐步公开，共和国百姓才松了口气。
年轻气盛的国防部长要对付的不是中下层军官，而是高级将领。显然，高级将领与共和国百姓没有什么直接关系。
按照裴承毅提交的报告，2044年初的时候共和**事力量总兵力为137万，其中陆军37万、海军33万、空军28万、天军17万、陆战队15万、网络兵团（即以前的电子兵）7万。以兵力为准，共和国的正规军事力量在全球排第七位，前面还有印度、土耳其、尼日利亚、印度尼西亚、刚果（金）与美国，而排在共和国之后的、兵力超过100万的国家还有俄罗斯与埃塞俄比亚。在全球9个兵力超过100万的国家中，除了处于内战中的刚果（金）与埃塞俄比亚，以及面对强大外来威胁的土耳其、尼日利亚与印度尼西亚之外，另外4个国家中，共和**队中的将官比例名列第一，超过千分之四，也就是每250名军人中就有1名将军，全军总计有准将以上军人5521人。在美军中，这个比例仅为千分之一，俄军中的这个比例大约为千分之一点五，印度军队中也不过为千分之二。虽然共和**队中将官比例偏高有历史愿意，毕竟共和**队经历的战争最多，因功累晋的将军就有大约3000人，除掉这部分将领之后，将官比例实际上不到千分之二，处于比较合理的水平。但是对于任何一支军队来说，将军过多就意味着其他军人缺乏发展空间，也就意味着军队死气沉沉，缺乏积极向上的活力。
可以说，与每年花在将官身上的津贴与福利来讲，其他负面影响更加严重。
裴承毅要做的，就是切掉共和**队身上的痼疾，让那些有活力、有朝气的年轻军人得到发展空间。
当然，这项改革遇到了很大的阻力。
为了推动改革，裴承毅在2044年的最后4个月跟包括曲茂康、蔡岁康、董承芳、赖辛平在内的100多名年纪在65岁以上，跟他参加过半岛战争与印度战争，荣立过战功的高级将领一对一的进行了交流，并且说服他们按照规定年龄段的下限退役，而不要拖到最大服役年限才退役。
正是因为成功说服了这些人，所以裴承毅的改革行动才得以继续推进。
当然，任何改革行动都得有个缓冲期间，不可能一开始就一刀切。
2045财年度，裴承毅才在国防预算中将专门用于将官津贴与福利的费用从2044财年度的384亿元减少到222亿元，并且明确规定优先保证退役将领的退休金与养老福利。总而言之，因为预算砍得太多，根本不够支出，所以那些还想赖在军队里不走的将军就得好好考虑一下了。
必须承认，裴承毅在军队里的威望不压于林啸雷，也就没人敢与他对着干。
到2046财年度的时候，用于将官津贴与福利的费用进一步削减到182亿元，而且削减的主要部分就是在役将领的福利。因为到该财年度的时候，共和**队中的将军人数已经从5500多人减少到了2200多人，超过了裴承毅的削减计划，所以在役将领的平均待遇并没降低多少。
完成这轮改革的时候，裴承毅已经从林啸雷手里夺过了军事大权。
有人戏称，裴承毅在5年间完成了一场“不流血的军事政变”，不但为国防部正名，还让他自己成为了共和**队的“第一人”。
不管怎么说，到2047年换届选举的时候，裴承毅的地位已经在林啸雷之上。
虽然在这5年的斗争中，裴承毅与林啸雷都很“文明”，没有玩小把戏，但是期间惊心动魄的过程，恐怕只有裴承毅才清楚。实际上，以裴承毅的行事风格，如果不是阻力太大的话，他也不会用5年时间来端正国防部的地位。要知道，在裴承毅指挥过的战争中，打得最久的也就5个月而已。
当然，共和国国防部与总参谋部到底有多大的矛盾，没人会站出来证实。
从某种意义上讲，因为林啸雷之后不可能由海军将领出任总参谋长，总参谋部到底搞成什么样子，与林啸雷的关系并不大，所以在与裴承毅角力的时候，林啸雷并不愿意得罪这位大有来头的国防部长，更不愿意因此得罪裴承毅身后的颜靖宇。正是如此，在5年的斗争之后，裴承毅才能在林啸雷离开总参谋部之后，顺理成章的成为共和**队的第一人，并且成为主管国家安全事务的副总理。
严格说来，随着颜靖宇在2047年上任，对裴承毅的考验才刚刚开始。。.。