崇祯帝吊死前于蓝色袍服上大书：“朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”[6]
诸臣惊闻这一变故，大学士范景文及其妻妾，户部尚书倪元璐与他的一家十三口人，左都御史李邦华，副都御史施邦昭，大理寺卿凌义渠，兵部右侍郎王家彦，刑部右侍郎孟兆祥与其妻何氏儿子孟章明，儿媳万氏，左谕德马世奇并其妾朱氏、李氏、左中允刘理顺并其妻万氏、妾李氏及儿子、奴仆婢女满门共十八人，太长寺少卿吴麟征，左庶子周凤翔与他的两个妾，检讨汪伟与他的妻子耿氏，户部给事中吴甘来，御史王章，御史陈良谟与其妾时氏，御史陈纯德、赵馔，太仆寺丞申佳允，吏部员外许直，兵部郎中成德并母张氏、妻张氏及子，兵部员外金铉并母章氏、妾王氏及弟錝，光禄寺署丞于腾蛟并妻，新乐侯刘文炳并祖母与弟，左都督文耀及妹、子孙男女共十六人，驸马巩永固并乐安公主及子女五人，惠安伯张庆臻并阖门男女，宣城伯卫时春并阖家，锦衣卫都指挥王国兴，锦衣卫指挥同知李若珪，锦衣卫千户高文采并一家十七人，顺天府知事陈贞达，副兵马司姚成，中书舍人宋天显、滕之所、阮文贵，经历张应选，阳和卫经历毛维、张儒士、张世禧并二子，百户王某，顺天府学教官五人，俱失其姓名，长州生员许琰，俱死之。诸臣死难，惟孟兆祥守正阳门，死于门下。王章、赵撰骂敌而死。范景文、申佳允、刘文炳、卫时春赴井，金铉、滕之所、阮文贵、张应选投御河，施邦曜饮药，凌义渠扼吭，巩永固及乐安公主、张庆臻自焚。其余皆投环自缢而死。[41]
三月二十一日崇祯帝尸体被发现，大顺军将崇祯帝与周皇后的尸棺移出宫禁，在东华门示众，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之。”[42]，梓宫暂厝在紫禁城北面的河边。当地平民又将他合葬在田贵妃墓中。清军入关后.将他移葬思陵。[43-44]
明朝在中国北方的统治处于崩溃边缘。之后，南方明朝势力于南京拥立福王朱由崧建立南明政权。[45]
身后之名
南明朱由崧大臣张慎言初议崇祯帝之庙谥号为烈宗敏皇帝，顾锡畴议庙号乾宗[46]。但不被采用。最终在崇祯十七年（1644年）六月，定先帝谥号为绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，庙号思宗，弘光元年二月丙子改上庙号毅宗[47]。唐王朱聿键谥为威宗。
顺治十六年十一月（1659年），开始谥为怀宗，后以“兴朝谥前代之君，礼不称，数不称宗”为由，去怀宗庙号，改谥庄烈愍皇帝，
参见：魏忠贤擅政
天启帝临死前叮嘱崇祯帝说，魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”。[53]当时，魏忠贤以司礼秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督，崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外遍布魏忠贤的死党。[54]
崇祯帝即位后，魏忠贤不敢公然加害崇祯帝。崇祯帝在入宫当天，一夜未眠，取来宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。[54]
崇祯像天启帝一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的待奉宦官和宫女逐渐带到宫中，以保证自己的安全。魏忠贤始终无法猜透朱由检的心思，于是送一些美女给崇祯帝。崇祯帝不好色，对美色毫无兴趣。但怕引起魏忠贤的疑心，崇祯帝将送来的4名女子全部留下，仔细搜身，发现4名女子的裙带顶端，都系着一颗细小的药丸，宫中称为“迷魂香”，实际上是一种能自然挥发的春药。[54]
魏忠贤一计不成，另生一计，就派一个小太监坐在宫中的复壁内，手中持“迷魂香”，使室中自然氤氲着一种奇异的幽香，以达到催情的效果。这一招，同样被崇祯帝识破。[55]崇祯帝对此大发感叹：“皇考、皇兄皆为此误矣！”[56]
魏忠贤干脆采用更露骨的试探方式。一些无耻的臣工们仍然不停地上疏，为魏忠贤大唱颂歌。崇祯帝读这些奏疏的时候，总是“且阅且笑”。魏忠贤向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠。崇祯帝的批复不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。[57]”这种顺水推舟之举，抑止了朝野上下对魏忠贤的崇拜，又不致引起魏忠贤的恼怒。
崇祯帝还不断嘉奖魏忠贤、王休乾、崔启秀等人。自然，崇祯帝等候时机，暗暗设法削弱魏忠贤的影响力。[54]
当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。天启七年（1627年）十月十三日（农历），御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”[58]崔呈秀在魏忠贤将门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。朱由检免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。[54]
官员们弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。崇祯帝一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边政、；九、伤民财；十、亵名器。[59]钱嘉征此疏的十条罪名大都可以坐实。于是，崇祯帝立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到崇祯帝的允许。[54]
天启七年（1627年）十一月一日，崇祯帝斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。一这无疑刺激了崇祯帝敏感的神经。于是，崇祯帝接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。[54]
天启七年（1627年）十一月六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲，最后自缢而亡。而清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。
此时明朝中央政府机构中遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。为此，清算魏党的战斗刻不容缓。崇祯帝先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。[60]从天启七年（1627年）十一月至崇祯二年（1629年）三月，清查阉党逆案的罗网撒开。除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，崇祯帝下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。[60]
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，崇祯帝都一一做到了。除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，理论用之实践的结果却让崇祯帝品尝到了政治的苦涩。[60]
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已。两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的崇祯帝陷入了一场永无休止的战争之中。[60]
明朝自万历以来，党争不断，东林党与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面。朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党，但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。[60]