在成功接收了周瑜的大军之后，刘琦便命徐庶统领扬州之地，率五万大军驻守合肥，麾下众文武有太史慈、侯成、宋宪、魏续、鲁肃、刘晔、繁钦、华歆、王粲、朱治、朱桓、程普、张纮、顾雍、张昭、秦松、陈端、魏腾、吾粲、卜静、孙高、傅婴等将。
之后又表奏陆逊为伏波将军，命陆逊率领三万大军，暂驻吴郡的秣陵，制造大船，探访夷洲和倭奴等地，寻机并其地，为大汉开疆拓土。
为此刘琦又专门决定为陆逊设立一个夷州刺史的名号，以州刺史的待遇对待陆逊，令其统帅在海外开拓的一切领土，在征服夷洲之前，陆逊还兼任吴郡太守之职。
本来陆逊只是遵命而行，并不知道在大汉之外还有多么广阔的领域，可是到了后来，随着领土的不断扩大，陆逊才知道自己究竟获得了怎样广阔的土地？而那时候，几乎是大汉所有的州刺史们都羡慕陆逊这个大汉最大的封疆大吏。
因为刘琦知道，陆逊的职责十分重大，所以这次专门配备了陈武、杜袭、董袭、蒋钦、韩当、凌操、贺齐等精通水战的将领，与此同时，刘琦郑重的叮嘱陆逊，海上风浪之大不比江上，要他们一定要善于观察星象，判断天气，懂得及时躲避风暴等事情，为了能够让陆逊掌握星象，刘琦又把父亲传给自己的《荆州星占》和黄月英制造的指南针传给了陆逊。
好在如今只是制造海船，尝试出海，积累经验的阶段，大军不会走太远，一切事情都可以慢慢来，刘琦又知道陆逊是一个稳重谨慎的人，倒也不必太过担心。
而至于统率陆逊的这一支大军，刘琦给起了一个专门的名字：“海军”，对于海军的粮草供应和军饷、军器、物资的供应，则由镇南将军府专门供应，海军统率陆逊也直接对刘琦自己负责。
与此同时，刘琦又任命黄祖统率其余的两万水军，庞统担任军师，驻守荆州的巫县、秭归一带，由兼任巫县长的甘宁作为副将，处理日常事务，实际上由于黄祖年迈根本不愿在巫县与江夏之间来回奔跑，这支水军由甘宁全权负责，黄祖只不过是挂个虚名而已。
而对这一点，黄祖也丝毫没有不满，毕竟他也知道自己年老，能力也不足，如果强行统率这支大军的话，只能会给这支军队带来拖累，更何况刘琦是他未来的女婿，如今他虽然只是江夏太守，却享受着荆、扬、交三州众将官的尊崇，而为了对他进行弥补，刘琦又把他的儿子黄射任命为襄阳县令，这可是镇南将军府所在地、荆州的郡治，整个荆、扬、交三州地区的核心，这样的职位虽然只是一个县令，可是权位丝毫不比一任太守差多少，甚至比刘琦正牌的大舅子蒯正，权势都要强上不少。
所以，黄祖在不久之后就直接辞去了水统帅之职，坚决要求把此职位让给甘宁。
刘琦见黄祖出于真心，便改拜黄祖为建德将军，任命甘宁为横江将军、加封水军大都督，甘宁麾下军师庞统拜为右军师将军、参军、长史，又拜麾下众将宋谦为偏将军，苏飞、邓龙、陈就等将为裨将军，还有江东孙氏的两个族人孙贲和孙皎，这两人本来作为孙氏族人，不愿出仕，但是刘琦却亲自请他们出山辅佐甘宁，并拜孙贲为昭义将军、孙皎为昭信将军，这两人见刘琦真诚，只好答应出仕。
与陆逊统帅的海军相似，甘宁的水军也是直接向刘琦负责，一切粮草军器直接由镇南将军府直接负责，它的作用主要是用于在内河作战为主，如今由于荆扬两州统一，江水两岸除了广陵之外全都归属刘琦的治下，所以它的作用主要是与陆上的秭归长、荡寇将军文聘互为犄角，防备和攻略刘璋的益州。
如今荆州的赵韪已经奉命南下进攻牂牁，赵韪原本驻守的朐忍由信任巴郡太守严颜负责镇守，双方之间局势紧张，一触即发，不过双方守将还算理智，没有直接爆发冲突。
这主要是因为严颜得到刘璋的命令是，只准防守，不准进攻，而文聘则是因为巴郡易守难攻，严颜又是川中名将，不好对付，最关键的是，主公刘琦也没有明确要与益州宣战，所以双方就保持了这么一个态势。
而如今甘宁的加入，必定会给巴郡带来新的威胁，令双方的相对平衡的局势被打破。
扬烈将军于禁则依然统率牛渚的万余大军，以丹阳太守的身份改屯丹阳的丹徒，暂时在那里屯田，随时待命进攻徐州。
除此之外，刘琦大军还有镇守整个交州的安南将军裴潜所部三万余人，者三万余人不仅维护了整个交州的安定和平，还对刘璋的益州南部造成了威胁，所以刘璋才会同意赵韪的提议，率军征讨裴潜大军所镇守的牂牁郡内且兰、毋敛二县。
而周瑜则统率黄盖、阚泽、吕蒙等将，尽起宛陵旧部三万人屯驻安众，麾下还包括王威、吕范的万余大军，这让荆州军在南阳的兵力由一万猛然提升到了近四万，对刘备和曹操都产生了极大的威胁。
而尤其感受到了巨大压力的是曹操，因为当初刘琦曾经许诺过，会派人袭击许昌，以配合袁绍作战，本来他见刘琦正忙于征战江东，所以对刘琦当初的那句许诺并不以为意，可是没想到刘琦竟然用如此短的时间就平定了江东的孙权，现在又是双方大战最紧张的时刻，他根本无力防备刘琦的那近四万大军。
“奉孝，如今我们该怎么办？”正在官渡的曹操一脸焦虑的问着郭嘉。
虽然今年与袁绍大军之间大战的开局很不错，他按照荀攸声东击西的计策，派麾下大将夏侯渊、许褚等人斩杀了袁军大将颜良，解了白马之围，后来又在难阪派徐晃斩杀了袁军大将文丑，令袁绍大军士气受挫，但袁绍大军仍然占据着优势，官渡方面的局势依然很不乐观，在这样的情况下，刘琦增兵安众，想要偷袭许昌的图谋可以说是特别明显。
而郭嘉考虑了片刻，便说道：“如今刘琦与益州刘璋和关中的刘备之间关系很是微妙，刘璋虽然与交州的裴潜彼此合作，共同对付叛乱的赵韪，但是却担心裴潜会乘机出兵北上益州郡，除此之外，刘璋连牂牁郡的其他县都不想交给裴潜，所以，只要静等上一段时间，刘璋和裴潜之间早晚会出现矛盾，而只要矛盾一爆发，刘琦必然会尽全力灭益州，这样一来刘琦必然会从安众调兵攻取益州，如此自然就没有多余的兵力进攻我们了。”
郭嘉看了看若有所思的曹操，继续说道：“而刘琦与刘备如今也是貌合神离，刘备虽然取得了关中，却绝不会放弃南阳，丞相可派人许诺刘琦，只要他有实力取得南阳，我们绝对不会干涉，并且还会拨付给荆州军不少的粮饷，这样一来刘琦必然会派兵取南阳，一旦刘琦与刘备交恶，这两股势力便无暇顾及许昌了，如此许昌无忧，我们便可全力对付袁绍了。”
“可是如今的南阳只有关羽匹夫率军镇守，这是多么好的机会，只要给我们大军半月的时间，就能攻下南阳，如今却要拱手送给刘琦，实在是有些不甘心啊。”曹操不由得摇了摇头，叹息着说道。
郭嘉却是淡淡笑道：“主公根本不必担心，因为届时刘琦两线作战，想要取下南阳可不是一件容易的事情，更何况，即便是南阳被刘琦攻占了，只要我们打败了袁绍，据有河北富庶之地，难道还无法取下一个小小的南阳吗？”
“可是这里的问题是，刘琦会不会两线作战，还有，刘琦为何会答应去取南阳，而不是是取许都，万一刘琦与刘备达成协议，共取许昌，那我们就岂不是就危险了？”曹操还是不放心，不由开口问道。
“此事倒也不难，既然裴潜拒绝了我们的招揽，他接下来为了证明自己对刘琦的忠心，一定会派兵征讨益州，最起码也要占领整个牂牁郡，甚至攻打益州郡都不是没有可能，既然裴潜率先展开行动，刘璋一定会尽力阻止，双方之间的矛盾必然会越闹越大，到时候我们再从中取事，制造他们之间的矛盾，全面战争必然会很快爆发。”
郭嘉胸有成竹的看了曹操一眼，然后笑道：“而至于南阳郡，这可是刘琦想要北上所志在必得的地盘，所以，刘琦明明知道这是我们抛出的诱饵，也绝对会毫不犹豫的吞下去，而刘琦不取南阳，就绝对不会取许都，因为他要真这样做的话，许昌和安众等地的联系就会被南阳所割断，南阳最终也必然会归属刘备，所以刘琦绝不会做出那种出力不讨好的事情。”
“呵呵，既然如此，那本相就奏请朝廷，好好嘉奖刘琦平定江东的功绩，任命他为右将军，紫绶金印，位同上卿，同时命他平定南阳，想必他一定会乐于从命，只要我们打败了袁绍，得到了河北，不管是南阳还是关中，我们一定会重新夺回来的。”
曹操的眼中射出一道精芒，话语中透着浓浓的自信。