此时墨西哥的情况是周琅想象不到，而拿破仑不想看到的局面。
赵文攻破了墨西哥城之后，撤出軍队之后就在也没有进去。
墨西哥城成了修罗场，印第安人、梅斯蒂索人把城里的白人杀了个精光，不但杀了那些来自欧洲的半岛白人，那些贵族移民，连土生白人也一并清洗掉了，甚至连一些肤色皎白的混血儿都受到波及，之后印第安人跟梅斯蒂索人之间也发生了互相屠杀时间，一直杀了十几天后，双方的火气才慢慢平息下来，长久以来积累的怨气也终于释放干净了。
这时候伊尔戈达才再次获得了軍队的控制权，因为軍队终于恢复了理智。
现在渐渐有一些西班牙将军开始支持伊尔戈达，比如阿连德等一些西班牙军官也加入了他的队伍，伊尔戈达利用这批军官，开始整顿印第安人軍队。
他在墨西哥城组建了新政府，尽管对这座城里发生的大屠杀一直耿耿于怀，他甚至一度想要结束自己的声明，好救赎自己的罪孽，但他最后想通了。
之所以发生大屠杀这种罪恶，源自于人类的本性，是西班牙人的贪婪，让他们将痛苦加在墨西哥人身上，墨西哥人现在又将这份痛苦，返还给了西班牙人而已。
这么想着的时候，伊尔戈达已经开始以一个墨西哥人的身份思考问题，而不再是将自己视作一个纯粹的土生白人。
过去他常常看着那些做苦工的印第安人，这些人信奉着西班牙人的宗教，为西班牙的贵族提供优渥的生活，不禁陷入了深深的沉思：这片叫做墨西哥的土地，为什么会由西班牙人管理，谁才是这片土地真正的主人？是像我这样土生土长在墨西哥的白人和印第安人，还是那些飘洋过海从欧洲来的白人？??
?这个问题困扰了他很久很久，从上学的时候就开始思考，当了牧师的时候还在思考，到如今的花甲之年，他终于醒悟了，这个国家属于土生土长在这片土地的人民，不管什么肤色，什么种族，只有在这片土地上长大的人才有资格治理这片土地！土生白人，梅斯蒂索人，印第安人才是这片土地真正的主人。
心结解开之后，伊尔戈达迅速组建墨西哥政府，他是一个很有威望的人，神父的身份让他很容易得到大量天主教徒的拥护，而天主教在墨西哥已经是一个很重要的宗教了，大到墨西哥城，小道多洛雷斯这样的小镇，处处都要天主教堂，不管是白人、混血还是印第安人，大多信仰上帝。
另外他带领印第安起义军攻占了墨西哥城，让他的威望更是达到了顶峰，他开始改革，大刀阔斧的改革，他宣布废除奴隶制，墨西哥种植园中，并不算多的奴隶立刻获得自由民身份，并且永久禁止奴隶买卖。
接着发布命令，允许墨西哥公社（相当于部落）和村落，可以无偿拿回他们被西班牙人夺走的土地，不管这些土地是购买的，还是抢夺的，他们现在都可以拿回去。
他还宣布取消印第安村落承担的沉重赋税以及封建义务，任何人，不管多么位高权重，都不能无条件役使印第安人为他们做事。
这些政策充满了理想主义和人类的道德良知，可是却让伊尔戈达因此失去了一批最有势力的支持者，那些跟他一样出身的土生白人，因为这些土生白人才是真正的土地所有者，那些掠夺印第安人土地的要么是他们，要么是他们的祖先干的，但这些土地现在都在他们的手上，而伊尔戈达却要让印第安人夺走他们手里的土地。
这些人原本对伊尔戈达充满了希望，希望他带领大家建立一个自由的墨西哥共和国，可现在共和国成立了，他们却发现这根本不是他们想要的祖国。
原本一些土生白人出生的士兵和军官离开了伊尔戈达的队伍，回到了他们的庄园，开始组织起反抗军，现在不是反抗西班牙人了，而是反抗伊尔戈达。他们管这位自由的使者，这位上帝的仆人，这位墨西哥之父，现在称之为暴君，神棍和叛国者。
反叛者出没于乡村，出没于一个个种植园，他们跟政府军对抗，跟印第安人部落对抗，目的也只是保卫他们的财产而已。他们甚至开始怀念起了西班牙殖民者的统治，至少西班牙国王不会拿走他们的土地。
墨西哥和其他西班牙殖民地，尤其是墨西哥的事情，影响了尚未陷入混乱的其他西班牙殖民地。
圣马丁、玻利瓦尔这些西语民族盛产的英雄们横空出世。
圣马丁在拉普拉塔合众国组建的远征军中服役，很快就取得了軍队的控制权，因为他有这个能力。他生于拉普拉塔殖民地的亚佩尤是拉普拉塔土生白人，而且是比较高层的土生白人家庭，他的父亲曾做到了亚佩尤副都督的职务。圣马丁8岁时，随父母移居马德里，接受系统的教育，还读了许多启蒙思想家的著作。推崇卢梭的《社会契约论》、伏尔泰、孟德斯鸠、狄德罗、霍尔马赫等启蒙思想家的著作。
在正规军校完成血液，然后进入西班牙穆尔西亚步兵团为士官生。随西班牙军队在非洲同摩尔人作战，同英军和葡萄牙军作战。拿破仑占领了西班牙后，他又参加了起义军，跟法军作战，在西班牙抗击拿破仑的战争中，他屡建功勋，被晋升为少校。
当他听到他的祖国已经独立的时候，又立刻返回国内，他的家族在拉普拉塔有相当的影响力，现在把持拉普拉塔合众国大权的，正是他们家族这样的土生白人高层，于是他很容易就通过人脉关系，得以去軍队中担任要职，接下来就靠自己的军事素养，不断获胜，然后成功成为拉普拉塔远征军司令。像他这样的正规军官，且有丰富战斗力的土生白人并不多见，因此他得以脱颖而出。
圣马丁先是在远征玻利维亚的軍队中服役，他带领的軍队赢得了对西班牙殖民者的大多数胜利，然后他带领远征军继续北上，联合了秘鲁总督区的軍队，一起去攻击新格拉纳达总督区，新格拉纳达总督区管辖范围是后世的哥伦比亚、厄瓜多尔和委内瑞拉三地，跟秘鲁接壤。
而此时，玻利瓦尔也已经在委内瑞拉发动了起义，并且成功推翻了殖民统治，组建軍队南下。
玻利瓦尔跟圣马丁一样，同样出身于土生白人上层。父母是土生的西班牙贵族。但他幼年父母双亡，他不得不前往西班牙学习，在西班牙结婚，谐同妻子于1803年回家乡继承家业，但妻子染病去世。1804年他又回到欧洲，还成为拿破仑的随从官。
这样的人当然更深受法国大革命思想影响，在拿破仑身边也不可能学不到军事技术。
他也立志要像法国人一样，推翻西班牙贵族统治，1805年在罗马阿旺丁山顶上立下了誓言：只要祖国一天不从西班牙统治下获得解放，他就要奋斗一天。闻听由于中国入侵，点燃了西班牙殖民地的燎原大火，他马上从西班牙赶回委内瑞拉，在自己的家乡组建軍队，反抗西班牙人统治。
由于新格拉纳达殖民地辖区，并没有遭到中国軍队的打击，西班牙軍队在这里还比较强大，导致玻利瓦尔起义失败，被从哥伦比亚赶去的西班牙軍队镇压。他不得不流亡海地，然后从海地新总统佩蒂翁（残暴的德萨林被刺杀身亡）那里得到了大量的军火，再次返回委内瑞拉，这次他成功了。因为圣马丁已经进入了厄瓜多尔，波哥大的西班牙軍队赶去镇压，委内瑞拉的軍队被抽调，相对空虚。
摧毁了西班牙在委内瑞拉的殖民机构之后，玻利瓦尔组建了委内瑞拉共和国政府，接着出兵哥伦比亚，要夺取新格拉纳达殖民地的首都波哥大。
玻利瓦尔家族本是大种植园主，大资本家，可他宣布废除奴隶制，赢得了大量黑人奴隶的支持。没收西班牙王室和大贵族的财产，许诺分给革命军战士土地，取消印第安人的人头税并保证分土地给他们。
玻利瓦尔成功招募到了黑人、印第安人和大量下层贫苦的土生白人，带着这只軍队他开始了对波哥大的远征。
圣马丁在厄瓜多尔，与秘鲁联军一起击败了西班牙殖民军，然后也进入了哥伦比亚，很快两位英雄就在波哥大会师，两个英雄的会师，标志着整个西班牙殖民地取得了独立，西班牙殖民体系瓦解了。
但殖民地故事还没有结束，因为带动这一波起义的中国人，显然不是来帮他们获取独立的，他们的老宗主西班牙人也绝不肯甘心丢掉如此庞大的资产，他们的命运，很可能无法由自己决定，而要在世界强权的谈判桌上划定。
此时关于西班牙殖民的处理问题，在一些大国之间，已经开始讨论了。