凤翔节度使郑畋诈降，以缓巢军；河中节度使王重荣先降后反，击败黄邺、朱温军，进兵渭北。河东、荆南、忠武、河中、安南先后军乱。忠武牙将秦宗权兵取蔡州，旋被任为刺史。
沙陀兵趁乱先逼晋阳，后陷太谷，为唐军所败，李国昌、李克用父子兵败逃入鞑靼。唐乾符五年（公元878年），云州沙陀将士康君立、李有璮杀云州防御使段文楚，拥立李克用入主云州。朝廷遂命李国昌从振武军移镇大同军，李氏父子欲兼并两镇，不受命，合兵攻掠，遭到朝廷打压，一蹶不振。
唐中和元年（公元881年），唐僖宗在成都以郑畋为京城四面诸军行营都统，进军长安。尚让等攻凤翔不下，为郑畋所败。唐因李国昌死，赦免李克用，命率部入援。
四月，郑畋携程宗楚、唐弘夫攻长安。黄巢命离城东撤，驻军霸上，放唐军入城。而后，反攻长安，一举歼灭程宗楚、唐弘夫，复得长安。
但是，黄巢复得长安后，恼民协助唐军，竟纵兵屠杀，血流成河，谓之“洗城”。令黄巢始料不及的是，就在他退出长安城之时，他手下的将领们闻知长安失守，同、华、商三州守将竟然弃城而逃。
李克用兵至晋阳，需索钱粮不遂，大掠北去。
唐京西南面行营都监杨复光率神策军使王建、韩建等打败朱温，陷邓州，追至蓝桥。黄巢复取华州。因田令孜不赏蜀军，西川黄头军使郭琪受迫害，率部反抗，失败遁逃。凤翔行军司马李昌言逼走郑畋，被任为凤翔节度行营招讨使。宰相王铎毅然自请为帅，征讨黄巢。感化军将时溥逐节度使支祥，自称留后；寿州屠夫王绪起兵陷光州，附于秦宗权；杭州董昌自任都押牙、知州事，临海杜雄据台州；永嘉朱褒据温州；遂昌卢约据处州。另外还有朗州雷满、衡州周岳、灃州向環、道州蔡结、永州唐行旻等亦各据州城。
唐中和二年（公元882年），唐以王铎为中书令、兼诸道行营都统，罢免高骈都统之职；以崔安潜为副。又以王处存、李孝昌、拓跋思恭分任京城东、北、西三面都统，杨复光为南面行营都监使。旋因朱温攻取同州，以李昌言为京城西面都统，朱玫为河南都统。唐诸军进逼长安，京西、渭北、兴平、渭桥、武功均有兵营，四面围攻长安。黄巢之将令不出同、华，长安粮尽。
九月，朱温在同州与唐将王重荣展开血战，后继不续，向长安求救。不料，孟楷以朱温拥兵自重，贻误战机为由，强辞拒绝。谋士谢瞳、敬翔进言：“黄王起事，本为复仇，机缘巧合，得享尊崇。然究是草莽，非天子之象。今唐天子在蜀，号令天下，勤王之师云集，将军又值主疑兵危之时，此时附唐，当可保命安身。”朱温向来疑忌，闻言沉吟不语。未几，以同州降唐。唐僖宗甚喜，以朱温为右金吾大将军、河中行营招讨副使，赐名朱全忠。接着，华州黄邺被降兵所逐，华州亦降唐。
因杨复光倡议，复召用沙陀部李克用，以李克用为雁门节度使。李克用军至河中，渡黄河，进屯同州，所部穿黑衣，号“鵶军”。抚州刺史钟传取洪州，为江西观察使；南城危全讽据抚州、信州；魏博节度使韩简攻郓州，杀天平节度使曹存实；天平将朱瑄拒韩简，遂为天平节度使；昭义将孟方立据邢、洺、磁等州，自为昭义留后；和州刺史秦彦据宣州；浙东观察使刘汉宏谋并浙西，为钱镠所败。
唐中和三年（公元883年），李克用破黄揆于沙苑。朝廷遂以李克用为东北面行营都统，杨复光、陈景思分任东面与北面都统监军使；罢免王铎、崔安潜正副都统；加田令孜为十军兼十二卫观军容使。二月，李克用与诸军在梁田坡大破尚让军，巢军袭取华州，李克用兵围华州，分兵救渭北。三月，尚让救华州，战败，唐军破华州。李克用率诸军进迫长安。
四月初八，黄巢退出长安，由蓝田入商山。唐军入长安，大肆焚掠，府寺民居烧毁者十之六七。
巢军先锋孟楷攻蔡州，秦宗权降。孟楷进至项城，被陈州刺史赵犨袭败，战死。黄巢怒，携秦宗权兵围陈州。唐以朱温为宣武节度使，李克用为河东节度使。李克用取昭义之潞州；成德节度使王景崇死，子王鎔为帅；
唐中和三年（公元883年），韩简升坐帅府，部将乐行达上前道：“大帅！何以将士的钱粮迟迟未到？”“怎么还未到吗？韩冬总管不是去取了吗？”韩简有些疑惑地道。“大帅昨日食用的是什么？”乐行达逼视着韩简道。
韩简一时语塞，因为他昨日与一些富豪聚宴，极尽奢华。
“大帅！天已见寒，将士衣不蔽体，食不果腹，而你却肉山酒海，奢侈无度。据末将所知，昨日从帅府倒掉的酒肉残羹，竟装了整整一马车。”乐行达愤愤地道。“大胆！你区区一名副将，居然敢跟本帅如此说话。来人哪！给我拿下！”韩简恼羞成怒地吼道。乐行达蓦然抽出佩剑，喊道：“兄弟们！还等什么！此时不反，更待何时？”众将“呼啦”一下，纷纷举起兵刃，向韩简逼近。
韩简随手摸向椅后，心内一惊，自己赖以成名的霸王刀，竟然不在那里。他急忙起身，欲转入后堂，不料脚下一个踉跄，头脑昏涨，好似宿醉未醒一般。说时迟，那时快。乐行达的剑已刺向心窝，韩简向后一躲，滚倒在地，他见机飞快，就势滚向后门，进了这道门，就是他的牙兵住所。
忽然，虚掩的门后，伸出一脚，将他踢回到帅案之前。众将血红了双眼，刀剑相加，韩简顿时浑身鲜血。韩简临死之时，猛然瞥见门后一双满含怨毒的眼光，那是素来和蔼可亲的、侍候了韩氏两代的帅府总管韩冬。不！他的真实姓名叫做封寒冬。韩简临死之际终于明白自己是死在何人之手，亦算是死得瞑目了。
是年，京师闻报，魏博军乱，韩简为部下所杀，众将拥乐行达为帅。朝廷遂令乐行达为魏博节度使，乐行达更名乐彦祯，拥有魏博。始作俑者封寒冬，在一个大雪飘飞的夜里，悄然离去。
唐中和四年（公元884年），唐周岌、时溥、朱温等于上年因救陈州，被黄巢困于城中，此时已是兵疲粮尽，遂求救于李克用。李克用兵至陈州，破尚让，取太康；又破黄邺，取西华。黄巢军围城三百日，亦是困乏无力，乃解围北走。五月，黄巢不顾众将反对，逼汴州寻朱温复仇，朱温大骇，再次向李克用求救。
李克用于中牟北王满渡，追破黄巢军，朱温、时溥乘势出兵，黄巢大败。朱温招降巢军大部分别将，尚让亦降于时溥。黄巢知大势已去，逃往冤句老巢。李克用紧追不舍，东至冤句，人马俱疲，兼之林言等誓死相拼，结果无功而返，回到汴州。
朱温盛情款待了李克用，并安排其寝于上源驿。是夜，火光四起，馆驿外杀声震天。李克用推窗观瞧，汴军重重围定了上源驿，正自火烧馆驿。李克用独目圆翻，厉声喝道：“尔等意欲何为？”
这时，汴将杨能勒马上前，道：“奉我家大帅之令，擒拿河东节度使李克用。”
“本帅屡次相救朱温，他竟如此待我？‘士可杀，不可辱！’”李克用话犹未了，倏然弯弓搭箭，当真是“将军神箭，例不虚发。”狼牙箭呼啸着扑向杨能，杨能不备，登时栽落马下。
汴军发一声喊，“呼啦”向后退却。汴将葛从周大喝一声，道：“退者死！给本将杀了李克用。”汴军复又上前，一时刀枪并举。李克用丝毫不惧，躲在窗后，箭无虚发，又射杀了十余位汴军。葛从周冷笑道：“给我冲，看他能射杀几人？”
庞师古提马上前道：“李克用神箭无敌，王满渡之战，以‘黄王’之箭术，尚逊一筹，这岂不是白白送死吗？”葛从周阴笑道：“这是馆驿，不是军营！难道你忘了卫乘风是怎么死的了吗？李克用武功虽远胜你我，可比得上明教卫乘风？”庞师古不由激灵打个冷战，心有余悸。
眼见馆驿在焚烧下，即将分崩离析。忽然天降暴雨，霎时将熊熊烈火熄灭。
李克用大喜：“天不绝我！”不由气势为之一振。蓦然，李克用面色大变。他身侧的护卫骇道：“大帅怎么了？”“我命休也！”李克用举起空空如也的箭囊，一脸的悲愤。
葛从周疾声呼道：“冲啊！李克用没有箭了。”汴军像发现了宝物一般，挥舞着闪闪发光的刀枪，“嗷嗷”地嚎叫着扑向馆驿。
正在这时，汴军身后一阵大乱，一行黑衣军士如狼似虎地杀到。当先一将，血染征袍，掌中一杆虎头枪，挡者立毙，正是李克用的义子，“十三太保”排行十三的河东悍将李存孝。李克用大喜过望，低吼一声，率先跳出窗来，挥刀杀入汴军。
原来，李克用留宿汴州城中，大军却驻扎在城外。监军使张承业始终放心不下，遂私下约齐“十三太保”及军中骁勇军士，偷偷潜入城中，以防不测，果然因此救得李克用一命。李克用杀出城来，暗道侥幸，由此格外恩重张承业。
六月，武宁节度使时溥在降将尚让的引领下，大破冤句“天补帮”总坛，黄巢败走泰山“狼虎谷”，林言断其首，往投时溥，中途却被唐军所截，乱刃分尸。
唐中和四年，七月。
唐僖宗在太玄楼受俘，武宁节度使时溥献上黄巢首级及黄巢姬妾三十余人。唐僖宗眼望这些如花似玉的女子，问道：“汝曹皆勋贵子女，世受国恩，何以从贼？”众姬妾之首，黄巢妻子崔金铃昂然不惧，抬头道：“狂贼凶逆，国家以百万之众，失守宗祧，播迁巴蜀。今陛下以不能据贼而责一女子，置公卿将帅于何地乎？”唐僖宗语塞，文武百官汗颜，不复再问，令皆戮于市。
临刑之时，刽子手怜众女子无辜亦无助，使其饮酒至醉而受死。众女大哭而醉，独崔金铃不哭亦不醉，从容就死，市井皆抚掌称道：真奇女子也！